RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF137P	P52743	207 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	FOXE3	Q13461	319 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	MED21	Q13503	144 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SLC22A6	Q4U2R8	563 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	YIF1B	Q5BJH7	314 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CXorf66	Q5JRM2	361 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	OR2G6	Q5TZ20	316 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	C11orf87	Q6NUJ2	197 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	PQLC1	Q8N2U9	271 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RNF152	Q8N8N0	203 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	OR8U1	Q8NH10	309 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC107	Q8WV48	283 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RAX2	Q96IS3	184 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RASL11B	Q9BPW5	248 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	DCLRE1B	Q9H816	532 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	S100A14	Q9HCY8	104 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	EXOSC1	Q9Y3B2	195 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	NBEAL2	Q6ZNJ1	2754 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	TRBV5-5	A0A0J9YX44	114 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	LINC01548	A6NM66	108 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SPINT2	O43291	252 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	ELANE	P08246	267 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CDX1	P47902	265 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	GPR50	Q13585	617 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	KIR2DS1	Q14954	304 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SMN1	Q16637	294 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422		Q499Y3	187 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	C6orf183	Q5T699	404 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	STEAP3	Q658P3	488 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	TRAT1	Q6PIZ9	186 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SLC25A48	Q6ZT89	311 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CDH26	Q8IXH8	852 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	GHSR	Q92847	366 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	WWC2-AS2	Q96NR7	200 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	S1PR3	Q99500	378 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	PLSCR3	Q9NRY6	295 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RCC2	Q9P258	522 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF580	Q9UK33	172 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	DIMT1	Q9UNQ2	313 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SIRT4	Q9Y6E7	314 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	KMT2C	Q8NEZ4	4911 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	TENM3	Q9P273	2699 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CA11	O75493	328 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RPLP1	P05386	114 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SYT6	Q5T7P8	510 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	OR5M8	Q8NGP6	311 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CHCHD3	Q9NX63	227 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SMPD3	Q9NY59	655 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	GNG12	Q9UBI6	72 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	TRAPPC2L	Q9UL33	140 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	DNAH9	Q9NYC9	4486 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	IGHV3-43	A0A0B4J1X8	118 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422		A0A1W2PP11	408 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A10P	A6NDY2	464 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A7P	A6NKC0	464 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	FAM90A23P	A8MXZ1	464 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	C12orf77	C9JDV5	145 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	IGHG4	P01861	327 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	GLA	P06280	429 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	NHLRC4	P0CG21	123 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	OR5H8	P0DN80	308 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	IGHV3-43D	P0DP04	118 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	FST	P19883	344 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	SOX6	P35712	828 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	DMKN	Q6E0U4	476 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	GAPT	Q8N292	157 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	FAM71E2	Q8N5Q1	922 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF439	Q8NDP4	499 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	UBALD1	Q8TB05	177 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CHCHD6	Q9BRQ6	235 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	ETAA1	Q9NY74	926 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	MRPS28	Q9Y2Q9	187 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	IGF1	P05019	195 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	VDAC1	P21796	283 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RAB25	P57735	213 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RPS11	P62280	158 aa	Known RBP eCLIP	13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CFHR3	Q02985	330 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CT45A1	Q5HYN5	189 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	C9orf66	Q5T8R8	295 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	RAB12	Q6IQ22	244 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	LCNL1	Q6ZST4	164 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF554	Q86TJ5	538 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	JAGN1	Q8N5M9	183 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	OR13C5	Q8NGS8	318 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	CT45A3	Q8NHU0	189 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	ORAI1	Q96D31	301 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM80	Q96HE8	168 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	DUX3	Q96PT4	197 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-231	ENST00000568422	TRAV8-7	A0A075B6U6	113 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	LANCL1	O43813	399 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	SC5D	O75845	299 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	LALBA	P00709	142 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	HBZ	P02008	142 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF134	P52741	427 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	TAS2R43	P59537	309 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	FAM53A	Q6NSI3	398 aa	Predicted RBP	13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	GLIPR1L1	Q6UWM5	242 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	C4orf3	Q8WVX3	66 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	TFAP2C	Q92754	450 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-231	ENST00000568422	MUL1	Q969V5	352 aa		13.2	□□□□□ -0.3

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