RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	UBB	P0CG47	229 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GTF2F2	P13984	249 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PRKACA	P17612	351 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	HTR2C	P28335	458 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CD80	P33681	288 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MTNR1B	P49286	362 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ERVFRD-1	P60508	538 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MXD1	Q05195	221 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SCN1B	Q07699	218 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SLC9A3R2	Q15599	337 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FAM189A2	Q15884	450 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RAB11B	Q15907	218 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TMEM155	Q4W5P6	130 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FAM27D1	Q5T7N8	215 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZNF529	Q6P280	563 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GLIPR1L1	Q6UWM5	242 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	WDR86	Q86TI4	376 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A1	Q86YD7	464 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD13B	Q86YJ7	626 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CLVS1	Q8IUQ0	354 aa	Predicted RBP	7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CROCCP3	Q8IVE0	287 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FAM58A	Q8N1B3	248 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GCSAM	Q8N6F7	178 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KIR3DL3	Q8N743	410 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	POC1A	Q8NBT0	407 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PXT1	Q8NFP0	134 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR8B3	Q8NGG8	313 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR13F1	Q8NGS4	319 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R35	Q8TAP8	253 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	C12orf43	Q96C57	262 aa	Known RBP	7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	YIPF6	Q96EC8	236 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR8B2	Q96RD0	313 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MRI1	Q9BV20	369 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CST11	Q9H112	138 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TMEM165	Q9HC07	324 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF19	Q9NS68	423 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MTCH1	Q9NZJ7	389 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NLK	Q9UBE8	527 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR14J1	Q9UGF5	321 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MRPS28	Q9Y2Q9	187 aa	Known RBP	7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3OR15-7	A0A075B7D8	119 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR2AT4	A6NND4	320 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SRRM5	B3KS81	715 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	DEGS1	O15121	323 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ADAM20	O43506	726 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NDUFB3	O43676	98 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CRTAP	O75718	401 aa	Predicted RBP	7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FSTL3	O95633	263 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KNG1	P01042	644 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GYPA	P02724	150 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CHRM2	P08172	466 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PGA5	P0DJD9	388 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SMIM18	P0DKX4	95 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ARSB	P15848	533 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RPS2	P15880	293 aa	Known RBP	7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	BCL3	P20749	454 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SERPINA2	P20848	420 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MPZ	P25189	248 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PRDX2	P32119	198 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SDC2	P34741	201 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ALDH3B2	P48448	385 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KIR3DS1	Q14943	382 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZMYND11	Q15326	602 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A6	Q4U2R8	563 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ESCO2	Q56NI9	601 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LRRC10	Q5BKY1	277 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FAM201A	Q5SY85	155 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TEX36	Q5VZQ5	186 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ACP7	Q6ZNF0	438 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	DCDC5	Q6ZRR9	648 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LRRTM1	Q86UE6	522 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	BATF2	Q8N1L9	274 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OSR2	Q8N2R0	312 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	C19orf18	Q8NEA5	215 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR5T2	Q8NGG2	359 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR6M1	Q8NGM8	313 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KCNG3	Q8TAE7	436 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MRPS24	Q96EL2	167 aa	Known RBP	7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NEIL1	Q96FI4	390 aa	Predicted RBP	7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZNF488	Q96MN9	340 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TMEM246	Q9BRR3	403 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PPIL3	Q9H2H8	161 aa	Known RBP	7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CNTD2	Q9H8S5	307 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZMAT3	Q9HA38	289 aa	Known RBP	7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NDUFA13	Q9P0J0	144 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	INSIG2	Q9Y5U4	225 aa		7.22	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PPIAL4C	A0A0B4J2A2	164 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RFPL4A	A6NLU0	287 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RFPL4AL1	F8VTS6	287 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IGHV2-70	P01814	119 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CALCB	P10092	127 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF44	P15621	663 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SOX6	P35712	828 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR3A4P	P47883	348 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NPBWR2	P48146	333 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SERPINB10	P48595	397 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NPY4R	P50391	375 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TMBIM6	P55061	237 aa		7.21	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SNU13	P55769	128 aa	Known RBP	7.21	□□□□□ -1.26

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