RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514313.1

NUP54-215, Transcript of nucleoporin 54, human

TSL 2

Gene NUP54, Length 537 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NUP54-215	ENST00000514313	ZFP3	Q96NJ6	502 aa		4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	QKI	Q96PU8	341 aa	Known RBP eCLIP	4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	RNF157	Q96PX1	679 aa		4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	BBS2	Q9BXC9	721 aa		4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	MRPL20	Q9BYC9	149 aa	Known RBP	4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TBL1XR1	Q9BZK7	514 aa		4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	CD300A	Q9UGN4	299 aa		4.38	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IGLV4-60	A0A075B6I1	120 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ZNF850	A8MQ14	1090 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	UPK1A	O00322	258 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	NDUFS6	O75380	124 aa	Known RBP	4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IGKV1-39	P01597	117 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	RLN2	P04090	185 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IGKV1D-39	P04432	117 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SLC35E2B	P0CK96	405 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	CD28	P10747	220 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	AZU1	P20160	251 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	MAGEA6	P43360	314 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TUFM	P49411	452 aa	Known RBP	4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	RAB38	P57729	211 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	MAPRE2	Q15555	327 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ZBTB6	Q15916	424 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	COX19	Q49B96	90 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	HBM	Q6B0K9	141 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	UGT2A3	Q6UWM9	527 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ORMDL3	Q8N138	153 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ZNF420	Q8TAQ5	688 aa	Predicted RBP	4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ZMYND19	Q96E35	227 aa	Predicted RBP	4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	NXF2	Q9GZY0	626 aa	Known RBP	4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ZSCAN16	Q9H4T2	348 aa	Predicted RBP	4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	DNAJC27	Q9NZQ0	273 aa		4.37	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IGKV1-6	A0A0C4DH72	117 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SGCE	O43556	437 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SCO1	O75880	301 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	MAS1	P04201	325 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	GP1BA	P07359	652 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	NELFE	P18615	380 aa	Known RBP	4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	UGT2B10	P36537	528 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SLC18A1	P54219	525 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	LINC00315	P59091	139 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TRAM1	Q15629	374 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	BSX	Q3C1V8	233 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	PDPN	Q86YL7	162 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SPANXA2-OT1	Q8N9U9	137 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IFT81	Q8WYA0	676 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	C22orf15	Q8WYQ4	148 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	GTF2H4	Q92759	462 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TNFRSF14	Q92956	283 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SPIN2A	Q99865	258 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SPIN2B	Q9BPZ2	258 aa		4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	4.36	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	KIR2DS1	A0A191URI9	304 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	RBFOX3	A6NFN3	312 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ZNF233	A6NK53	670 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TRPC5OS	A6NMA1	111 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IGKV3-11	P04433	115 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	OR4Q2	P0C623	313 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TAC1	P20366	129 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ACOT2	P49753	483 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	AQP5	P55064	265 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	PMS2P3	Q13401	168 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	OR4D1	Q15615	310 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	KLHL12	Q53G59	568 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ERICH5	Q6P6B1	374 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	COMTD1	Q86VU5	262 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	CYP4Z2P	Q8N1L4	340 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	OR4K17	Q8NGC6	315 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	MED10	Q9BTT4	135 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SNX24	Q9Y343	169 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ARID1A	O14497	2285 aa		4.35	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IGKV2-28	A0A075B6P5	120 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	COLCA2	A8K830	154 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	BTNL10	A8MVZ5	291 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	RCBTB2	O95199	551 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	IGKV2D-28	P01615	120 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TGFBR1	P36897	503 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	XK	P51811	444 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	TRIP13	Q15645	432 aa	Predicted RBP	4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	LINC00303	Q3SY05	128 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	FAM222A	Q5U5X8	452 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	PDPK2P	Q6A1A2	396 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	UNQ9165/PRO28630	Q6UXU0	137 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	LRRC6	Q86X45	466 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	RNF10	Q8N5U6	811 aa	Known RBP	4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	PDCD6IP	Q8WUM4	868 aa	Known RBP	4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ORAOV1	Q8WV07	137 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	BLNK	Q8WV28	456 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	GPR82	Q96P67	336 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ASB7	Q9H672	318 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	SDHAF3	Q9NRP4	125 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	RAB22A	Q9UL26	194 aa		4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	KLF13	Q9Y2Y9	288 aa	Predicted RBP	4.34	□□□□□ -1.71
NUP54-215	ENST00000514313	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		4.33	□□□□□ -1.72
NUP54-215	ENST00000514313	OR2AT4	A6NND4	320 aa		4.33	□□□□□ -1.72
NUP54-215	ENST00000514313		A8MWL6	223 aa		4.33	□□□□□ -1.72
NUP54-215	ENST00000514313	TNFAIP8	O95379	198 aa		4.33	□□□□□ -1.72
NUP54-215	ENST00000514313	IL4	P05112	153 aa		4.33	□□□□□ -1.72
NUP54-215	ENST00000514313	GTF2H1	P32780	548 aa		4.33	□□□□□ -1.72
NUP54-215	ENST00000514313	TRDN	Q13061	729 aa		4.33	□□□□□ -1.72

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