RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	AQP3	Q92482	292 aa		11.78	□□□□□ -0.52
PNKP-223	ENST00000629179	UPRT	Q96BW1	309 aa		11.78	□□□□□ -0.52
PNKP-223	ENST00000629179	SLC16A6	O15403	523 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SYT7	O43581	403 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	MPZL2	O60487	215 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PPIAL4G	P0DN37	164 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	DBT	P11182	482 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SELL	P14151	372 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	GLRA1	P23415	457 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	TGM4	P49221	684 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	HILS1	P60008	231 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ACTC1	P68032	377 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ACTA1	P68133	377 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF91	Q05481	1191 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	GABPB1	Q06547	395 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	CDON	Q4KMG0	1287 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ATPAF1	Q5TC12	328 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	LPCAT4	Q643R3	524 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	STUM	Q69YW2	141 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	USP43	Q70EL4	1123 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	BTN2A1	Q7KYR7	527 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SLC36A1	Q7Z2H8	476 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	LHFPL3	Q86UP9	236 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ACBD7	Q8N6N7	88 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF671	Q8TAW3	534 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	C12orf43	Q96C57	262 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ADI1	Q9BV57	179 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SUCNR1	Q9BXA5	334 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SMPD3	Q9NY59	655 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	MYRF	Q9Y2G1	1151 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PCDHGB1	Q9Y5G3	927 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SOX21	Q9Y651	276 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PQLC2L	A1A4F0	135 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	DHRS7C	A6NNS2	312 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179		J3QLW9	94 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SYNGR1	O43759	233 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF19	P17023	458 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	HAAO	P46952	286 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	IKZF1	Q13422	519 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	RCN1	Q15293	331 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	KCTD20	Q7Z5Y7	419 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	KIRREL3-AS3	Q8N7Y1	241 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF555	Q8NEP9	628 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	OR2G2	Q8NGZ5	317 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ANGPTL6	Q8NI99	470 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	TRMT10A	Q8TBZ6	339 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	APH1B	Q8WW43	257 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF488	Q96MN9	340 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179		Q96MT0	163 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PCGF1	Q9BSM1	259 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	NLK	Q9UBE8	527 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	TRAV40	A0A0B4J280	105 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	LOC107986453	A0A1B0GWG9	222 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ANKRD61	A6NGH8	418 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	OR2AT4	A6NND4	320 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF879	B4DU55	563 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	NDUFB3	O43676	98 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	CLIC3	O95833	236 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ECD	O95905	644 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	LIPF	P07098	398 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SFTPB	P07988	381 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	HTR1A	P08908	422 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	GABRA2	P47869	451 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	NANOS3	P60323	173 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	FDX2	Q6P4F2	183 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF788	Q6ZQV5	615 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ANGPTL5	Q86XS5	388 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ZDHHC22	Q8N966	263 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PNLDC1	Q8NA58	520 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	NPRL2	Q8WTW4	380 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	TMIGD2	Q96BF3	282 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PELI1	Q96FA3	418 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	C4orf36	Q96KX1	117 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	RDH12	Q96NR8	316 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	GAFA1	Q96PS6	74 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	MS4A7	Q9GZW8	240 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PLEKHA1	Q9HB21	404 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ESM1	Q9NQ30	184 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	FRRS1L	Q9P0K9	344 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	RPUSD1	Q9UJJ7	312 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	DSCAML1	Q8TD84	2053 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV1D-17	A0A075B6S4	117 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	FAM230A	A0A1W2PPH8	454 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	NKX6-3	A6NJ46	265 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179		J3QT63	122 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	WBP4	O75554	376 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	TOX4	O94842	621 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	FADS2	O95864	444 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PLAT	P00750	562 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ACAA1	P09110	424 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	UBC	P0CG48	685 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PSG2	P11465	335 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	MMP9	P14780	707 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PEX2	P28328	305 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	ARF6	P62330	175 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	GALE	Q14376	348 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	UBE2V2	Q15819	145 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	SMN1	Q16637	294 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53

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