RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	VAMP3	Q15836	100 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TMPRSS11F	Q6ZWK6	438 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RPE	Q96AT9	228 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CFHR5	Q9BXR6	569 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CD3D	P04234	171 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FUT3	P21217	361 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CD82	P27701	267 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FAAP20	Q6NZ36	180 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	STPG2	Q8N412	459 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00052	Q96N35	136 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	HES4	Q9HCC6	221 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PSENEN	Q9NZ42	101 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINE3	A8MV23	424 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RER1	O15258	196 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR7C2	O60412	319 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A1	P53007	311 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MARCH1	Q8TCQ1	289 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RND1	Q92730	232 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TM4SF19	Q96DZ7	209 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SCMH1	Q96GD3	660 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CMTM3	Q96MX0	182 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SIGLEC7	Q9Y286	467 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	GNG10	P50151	68 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ACOT6	Q3I5F7	207 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	GNPNAT1	Q96EK6	184 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PNLIPRP3	Q17RR3	467 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4C5	Q8NGB2	326 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PLPPR2	Q96GM1	343 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TAAR3P	Q9P1P4	343 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447		M0R1X1	148 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	IL5	P05113	134 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZXDA	P98168	799 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	IQCJ	Q1A5X6	159 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10D4P	Q8NGN7	298 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RTN4IP1	Q8WWV3	396 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447		H0Y8G0	127 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBTB25	P24278	435 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SNRPN	P63162	240 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	NUBPL	Q8TB37	319 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	EID2B	Q96D98	161 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	POM121L2	Q96KW2	1035 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	GLRX2	Q9NS18	164 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447		H3BMH7	237 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DL1	P43626	348 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM209B	Q5JX69	171 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CALHM3	Q86XJ0	350 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	COMMD1	Q8N668	190 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ERGIC1	Q969X5	290 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTR3C	Q9C0K3	210 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF331	Q9NQX6	463 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC6A13	Q9NSD5	602 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CDX4	O14627	284 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PSMB6	P28072	239 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP1CB	P62140	327 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	BHLHA15	Q7RTS1	189 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	D2HGDH	Q8N465	521 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	HMGCLL1	Q8TB92	370 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MMP26	Q9NRE1	261 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	NGF	P01138	241 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	COL19A1	Q14993	1142 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC29	Q8WV35	223 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CHST6	Q9GZX3	395 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RHOF	Q9HBH0	211 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MIOX	Q9UGB7	285 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV5-10-1	A0A0J9YXX1	117 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF724	A8MTY0	619 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	COX7A2P2	O60397	106 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	EPPIN	O95925	133 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CT62	P0C5K7	136 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	PRR35	P0CG20	571 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB5A	P20339	215 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	NUFIP2	Q7Z417	695 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2T6	Q8NHC8	308 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN23	Q96B33	292 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MARVELD1	Q9BSK0	173 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	C20orf141	Q9NUB4	165 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	SFTA3	P0C7M3	94 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	METTL15P1	P0C7V9	234 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TLE1	Q04724	770 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	HLX	Q14774	488 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	BTNL3	Q6UXE8	466 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF2H5	Q6ZYL4	71 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RASL10B	Q96S79	203 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TIMM9	Q9Y5J7	89 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RFPL4A	A6NLU0	287 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RFPL4AL1	F8VTS6	287 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	AP4M1	O00189	453 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	BMI1	P35226	326 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CD81	P60033	236 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	LCN15	Q6UWW0	184 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHDC1	Q8N7A1	406 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	NPEPL1	Q8NDH3	523 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	BVES	Q8NE79	360 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB1C	Q92928	201 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	CMBL	Q96DG6	245 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	TSPAN32	Q96QS1	320 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	MAGT1	Q9H0U3	335 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PTPRF-215	ENST00000496447	AMDHD2	Q9Y303	409 aa		11.71	□□□□□ -0.53

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