RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP24.24■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 EGFRP00533 1210 aa24.23■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 PSME4Q14997 1843 aa24.23■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 TAF5LO75529 589 aa24.22■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 ZNF280AP59817 542 aaPredicted RBP24.22■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 HELBQ8NG08 1087 aaPredicted RBP24.22■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 ARHGAP45Q92619 1136 aa24.22■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 API5Q9BZZ5 524 aaKnown RBP24.22■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 SNAP23O00161 211 aa24.21■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP24.21■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 TAF7LQ5H9L4 462 aa24.21■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 TRAF5O00463 557 aa24.2■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 KCNJ4P48050 445 aa24.2■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 DACT2Q5SW24 774 aa24.2■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 STRIP1Q5VSL9 837 aa24.2■■□□□ 1.47
CLN3-260ENST00000637578 CNTNAP1P78357 1384 aa24.2■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 TBC1D10BQ4KMP7 808 aaPredicted RBP24.2■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 CST9Q5W186 159 aa24.2■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 CNNM1Q9NRU3 951 aa24.2■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 RIPOR2Q9Y4F9 1068 aa24.2■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 CDC37L1Q7L3B6 337 aa24.19■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 PUS3Q9BZE2 481 aaKnown RBP24.19■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 KIF16BQ96L93 1317 aa24.19■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 GLIS2Q9BZE0 524 aaPredicted RBP24.18■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 CD209Q9NNX6 404 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 MKRN1Q9UHC7 482 aaKnown RBP24.18■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 A0A1B0GUL6 1792 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 USP17L8P0C7I0 530 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 KIF4BQ2VIQ3 1234 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 RASSF10A6NK89 507 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 ZNF646O15015 1829 aaPredicted RBP24.16■■□□□ 1.46
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CLN3-260ENST00000637578 TTLL5Q6EMB2 1281 aa24.16■■□□□ 1.46
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CLN3-260ENST00000637578 IL1R1P14778 569 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 UBE4AQ14139 1066 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP24.15■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 MROH5Q6ZUA9 1318 aa24.14■■□□□ 1.46
CLN3-260ENST00000637578 PLIN1O60240 522 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 MMP14P50281 582 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 MXD3Q9BW11 206 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 MYOZ2Q9NPC6 264 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 BCAR3O75815 825 aa24.13■■□□□ 1.45
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CLN3-260ENST00000637578 DEFB115Q30KQ5 88 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 USP48Q86UV5 1035 aa24.13■■□□□ 1.45
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CLN3-260ENST00000637578 LRRC24Q50LG9 513 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 ZNF804AQ7Z570 1209 aa24.12■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 TRPM7Q96QT4 1865 aa24.12■■□□□ 1.45
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CLN3-260ENST00000637578 KLHDC4Q8TBB5 520 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 HDAC5Q9UQL6 1122 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 ASTN2O75129 1339 aaPredicted RBP24.1■■□□□ 1.45
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CLN3-260ENST00000637578 FBXW7Q969H0 707 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 GGA3Q9NZ52 723 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 FKBP1AP62942 108 aaKnown RBP24.09■■□□□ 1.45
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CLN3-260ENST00000637578 ATF7IPQ6VMQ6 1270 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 SAPCD2Q86UD0 394 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 FAM84BQ96KN1 310 aaPredicted RBP24.09■■□□□ 1.45
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CLN3-260ENST00000637578 CERS5Q8N5B7 392 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 MEIS3Q99687 375 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 PITPNM2Q9BZ72 1349 aa24.08■■□□□ 1.45
CLN3-260ENST00000637578 SASH1O94885 1247 aa24.08■■□□□ 1.44
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CLN3-260ENST00000637578 ANGEL2Q5VTE6 544 aaKnown RBP24.07■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 LRRFIP2Q9Y608 721 aaKnown RBP24.07■■□□□ 1.44
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CLN3-260ENST00000637578 KIAA0825Q8IV33 1275 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 SULF1Q8IWU6 871 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 ZBED3Q96IU2 234 aaPredicted RBP24.06■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 FBXO3Q9UK99 471 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 TNNQ9UQP3 1299 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 FAM205AQ6ZU69 1335 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 WDR33Q9C0J8 1336 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 WNT10BO00744 389 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 NBPF9Q3BBW0 867 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-260ENST00000637578 ATG9AQ7Z3C6 839 aa24.05■■□□□ 1.44
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