RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471880.5

SSR4-208, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, human

TSL 5

Gene SSR4, Length 785 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SSR4-208	ENST00000471880	USP17L4	A6NCW7	530 aa		18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	EGFR	P00533	1210 aa		18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	PODN	Q7Z5L7	613 aa		18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		18.56	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	18.55	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		18.55	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		18.55	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	DPF2	Q92785	391 aa		18.55	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	18.55	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	COA1	Q9GZY4	146 aa		18.55	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TRAF5	O00463	557 aa		18.54	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	18.54	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	18.54	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	METTL24	Q5JXM2	366 aa		18.54	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	18.53	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		18.53	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	JMY	Q8N9B5	988 aa		18.53	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	MXD3	Q9BW11	206 aa		18.53	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		18.53	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	18.53	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TNN	Q9UQP3	1299 aa		18.53	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM88B	A6NKF7	163 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	TRIM27	P14373	513 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	GTF2I	P78347	998 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	LRRC24	Q50LG9	513 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	MEIS3	Q99687	375 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	CREBZF	Q9NS37	354 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	18.52	■□□□□ 0.56
SSR4-208	ENST00000471880	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	USP17L8	P0C7I0	530 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	DLK2	Q6UY11	383 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	SIL1	Q9H173	461 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	JAG2	Q9Y219	1238 aa		18.51	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		18.5	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	OGFOD1	Q8N543	542 aa		18.5	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	18.5	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CD209	Q9NNX6	404 aa		18.5	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		18.5	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	18.49	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF609	O15014	1411 aa		18.49	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GNAI3	P08754	354 aa		18.49	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	DACT2	Q5SW24	774 aa		18.49	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		18.49	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	USP48	Q86UV5	1035 aa		18.49	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	VPS37D	Q86XT2	251 aa		18.49	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CNTNAP1	P78357	1384 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GYG1	P46976	350 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GRM1	Q13255	1194 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GML	Q99445	158 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	MYO3B	Q8WXR4	1341 aa		18.48	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880		F8W031	263 aa	Predicted RBP	18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	UBE4A	Q14139	1066 aa		18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	CST9	Q5W186	159 aa		18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	GGA3	Q9NZ52	723 aa		18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		18.47	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	18.46	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	SCARF1	Q14162	830 aa		18.46	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	18.46	■□□□□ 0.55
SSR4-208	ENST00000471880	ADM5	C9JUS6	153 aa		18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	EYA2	O00167	538 aa		18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	SULF1	Q8IWU6	871 aa		18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		18.45	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	PDE8B	O95263	885 aa		18.44	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	18.44	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	18.44	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	18.44	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	18.44	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	18.44	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	18.44	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	SRGAP3	O43295	1099 aa		18.43	■□□□□ 0.54
SSR4-208	ENST00000471880	SASH1	O94885	1247 aa		18.43	■□□□□ 0.54

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