RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	DCLRE1C	Q96SD1	692 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	TMED9	Q9BVK6	235 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	C1QTNF6	Q9BXI9	259 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CDH20	Q9HBT6	801 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM206A	Q9NX38	181 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	B3GNT2	Q9NY97	397 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	NUFIP1	Q9UHK0	495 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OR52A1	Q9UKL2	312 aa		10.44	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SMIM31	A0A1B0GVY4	71 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	C5orf49	A4QMS7	147 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607		M0R1B8	84 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	TBX1	O43435	398 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	DBH	P09172	617 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC2A1	P11166	492 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CBR1	P16152	277 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CCNO	P22674	350 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OTX1	P32242	354 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	TGFBR2	P37173	567 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FABP6	P51161	128 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CCR9	P51686	369 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS25	P62851	125 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR50	Q13585	617 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	TPBG	Q13641	420 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	TRAM1	Q15629	374 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR107	Q5VW38	600 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	DMKN	Q6E0U4	476 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FDX2	Q6P4F2	183 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM57B	Q71RH2	274 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXL14	Q8N1E6	418 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OR1J2	Q8NGS2	313 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS4Y2	Q8TD47	263 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC7A6	Q92536	515 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM168A	Q92567	244 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	YIPF6	Q96EC8	236 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNS3	Q9BQ31	491 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FUNDC2	Q9BWH2	189 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	BEX2	Q9BXY8	128 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	PBOV1	Q9GZY1	135 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	EXOSC4	Q9NPD3	245 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	POU2F3	Q9UKI9	436 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	N6AMT1	Q9Y5N5	214 aa		10.43	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	LOC107986453	A0A1B0GWG9	222 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ACOD1	A6NK06	481 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	VWC2L	B2RUY7	222 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OGG1	O15527	345 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	PLPP2	O43688	288 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SRSF10	O75494	262 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	RGS9	O75916	674 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SERPINA3	P01011	423 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	IGKV3-15	P01624	115 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SERPINA5	P05154	406 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CD1A	P06126	327 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ACSM4	P0C7M7	580 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF14	P17017	642 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	KIR3DL2	P43630	455 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	EFNA4	P52798	201 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	NANOS3	P60323	173 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ODF4	Q2M2E3	257 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	MST1L	Q2TV78	715 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	GFOD2	Q3B7J2	385 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CYB5R2	Q6BCY4	276 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	IL17REL	Q6ZVW7	336 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CPEB3	Q8NE35	698 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OR8B12	Q8NGG6	310 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OR52H1	Q8NGJ2	320 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	TSEN15	Q8WW01	171 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	THRSP	Q92748	146 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	MS4A3	Q96HJ5	214 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	PGLYRP3	Q96LB9	341 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	PDCD1LG2	Q9BQ51	273 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OR10A2	Q9H208	303 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	NDUFA13	Q9P0J0	144 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	LPAR3	Q9UBY5	353 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ENPP5	Q9UJA9	477 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	STUB1	Q9UNE7	303 aa		10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SIRT4	Q9Y6E7	314 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	LOC100506127	A0A0U1RQW1	187 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A1B0GVI7	797 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	DPPA5	A6NC42	116 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	OR4C45	A6NMZ5	311 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607		J3QW42	95 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	AIRE	O43918	545 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ZFPL1	O95159	310 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	GABARAP	O95166	117 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	PNP	P00491	289 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	LCAT	P04180	440 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	HLA-DPB1	P04440	258 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CELA3B	P08861	270 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	CECR9	P0C854	216 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ACHE	P22303	614 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	GADD45A	P24522	165 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	MAPK3	P27361	379 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	THBS2	P35442	1172 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	SWI5	Q1ZZU3	235 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	KRTAP27-1	Q3LI81	207 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	YIF1B	Q5BJH7	314 aa		10.41	□□□□□ -0.74
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF584	Q8IVC4	421 aa		10.41	□□□□□ -0.74

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