RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	FAM81A	Q8TBF8	368 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEM163	Q8TC26	289 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C10orf105	Q8TEF2	133 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	BCL2L2	Q92843	193 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	DHRS9	Q9BPW9	319 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C1QTNF6	Q9BXI9	259 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		Q9H521	79 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC17A5	Q9NRA2	495 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEM38B	Q9NVV0	291 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C19orf73	Q9NVV2	129 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	KCNS2	Q9ULS6	477 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TIMM10B	Q9Y5J6	103 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A31	A6NKX4	558 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FAM183A	A6NL82	134 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		H0YAE9	185 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		M0R1B8	84 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RGS13	O14921	159 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A6	O15403	523 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PRODH	O43272	600 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SEC14L2	O76054	403 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GLCE	O94923	617 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CST2	P09228	141 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	B4GALT1	P15291	398 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CTLA4	P16410	223 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SPI1	P17947	270 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	COX5A	P20674	150 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PYCR1	P32322	319 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF133	P52736	654 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FOXG1	P55316	489 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LSM6	P62312	80 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TEK	Q02763	1124 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	APOF	Q13790	326 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TAF13	Q15543	124 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CARTPT	Q16568	116 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GSG1	Q2KHT4	349 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LCE3B	Q5TA77	95 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FAM27B	Q5VT28	67 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C12orf73	Q69YU5	71 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEM108	Q6UXF1	575 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MEPCE	Q7L2J0	689 aa	Known RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LINGO2	Q7L985	606 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SHF	Q7M4L6	423 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB46	Q86UZ6	589 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GJC3	Q8NFK1	279 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IL17RD	Q8NFM7	739 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR51L1	Q8NGJ5	315 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR9Q1	Q8NGQ5	310 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR1J2	Q8NGS2	313 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PTP4A1	Q93096	173 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C1orf159	Q96HA4	380 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FOXN4	Q96NZ1	517 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TSSK2	Q96PF2	358 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MYCBP	Q99417	103 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TEAD3	Q99594	435 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SH3GL3	Q99963	347 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RACGAP1	Q9H0H5	632 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	DUSP13	Q9UII6	198 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ATP23	Q9Y6H3	246 aa		7.54	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ARPC4-TTLL3	A0A0A6YYG9	625 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF593	O00488	134 aa	Predicted RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PRKY	O43930	277 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GYPB	P06028	91 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CBR1	P16152	277 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CD40	P25942	277 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	EPHA2	P29317	976 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	APLNR	P35414	380 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	THBS2	P35442	1172 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CAPG	P40121	348 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GZMK	P49863	264 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SCRN3	Q0VDG4	424 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMED1	Q13445	227 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IL18R1	Q13478	541 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF362	Q5T0B9	420 aa	Predicted RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LIPN	Q5VXI9	398 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NXNL2	Q5VZ03	156 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ARL9	Q6T311	187 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	UNQ6126/PRO20091	Q6UXV3	157 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF627	Q7L945	461 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	HIST2H2AB	Q8IUE6	130 aa	Predicted RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ERI1	Q8IV48	349 aa	Known RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	WDFY1	Q8IWB7	410 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SKA3	Q8IX90	412 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C8orf59	Q8N0T1	100 aa	Predicted RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C11orf40	Q8WZ69	217 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MSI2	Q96DH6	328 aa	Known RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	BOD1	Q96IK1	185 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	KIRREL1	Q96J84	757 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RADIL	Q96JH8	1075 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MBOAT4	Q96T53	435 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ADI1	Q9BV57	179 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C1orf198	Q9H425	327 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MED20	Q9H944	212 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	POLE4	Q9NR33	117 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	EIF3K	Q9UBQ5	218 aa	Known RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	WARS2	Q9UGM6	360 aa	Known RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	KCNG2	Q9UJ96	466 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NDRG4	Q9ULP0	352 aa	Known RBP	7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	HSPE1-MOB4	S4R3N1	261 aa		7.53	□□□□□ -1.2

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