RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 CTF1Q16619 201 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 PLBD1Q6P4A8 553 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SLC16A12Q6ZSM3 486 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SIAH3Q8IW03 269 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NANOGP1Q8N7R0 232 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 C17orf47Q8NEP4 570 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 DNAJA3Q96EY1 480 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 KLHL15Q96M94 604 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 WDFY2Q96P53 400 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 DDOQ99489 341 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 WWTR1Q9GZV5 400 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NARFLQ9H6Q4 476 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 DNAJB12Q9NXW2 375 aaKnown RBP6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 FBXL2Q9UKC9 423 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SLCO1B1Q9Y6L6 691 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 LINC00862A6NCI5 91 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 RNF212BA8MTL3 300 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 MT-ND4LP03901 98 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 APLNRP35414 380 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 BTG2P78543 158 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TLE4Q04727 773 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 GFOD2Q3B7J2 385 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 CDONQ4KMG0 1287 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 YIF1BQ5BJH7 314 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 FAM209AQ5JX71 171 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SFXN4Q6P4A7 337 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 PET117Q6UWS5 81 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 GFRALQ6UXV0 394 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 RBMS3Q6XE24 437 aaKnown RBP6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ZNF704Q6ZNC4 412 aaPredicted RBP6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 CPOQ8IVL8 374 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 RDH10Q8IZV5 341 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ZFP82Q8N141 532 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 HAS2Q92819 552 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SPTSSAQ969W0 71 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 C8orf44Q96CB5 159 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ZNF501Q96CX3 271 aaPredicted RBP6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ZG16BQ96DA0 208 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SAMD8Q96LT4 415 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 EGLN3Q9H6Z9 239 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TMEM74BQ9NUR3 256 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 OCIAD1Q9NX40 245 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 CACNA1GO43497 2377 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 K7EPK0 472 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SURF4O15260 269 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 CCL4P13236 92 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SLC1A3P43003 542 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 DSCR4P56555 118 aaPredicted RBP6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 RPS23P62266 143 aaKnown RBP6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 OR1C1Q15619 314 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SGCAQ16586 387 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ACOT7LQ6ZUV0 252 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 FAM71E2Q8N5Q1 922 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 DTX3Q8N9I9 347 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TSLPQ969D9 159 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 OR11A1Q9GZK7 315 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SRRQ9GZT4 340 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 MMP25Q9NPA2 562 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 LANCL2Q9NS86 450 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 AK6Q9Y3D8 172 aaKnown RBP6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 HDGFL3Q9Y3E1 203 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 PCNTO95613 3336 aa6.92□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 OR5H15A6NDH6 313 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 C11orf98E9PRG8 122 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 GABARAPH6UMI1 98 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 KLF4O43474 513 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SEMA7AO75326 666 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NGFRP08138 427 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ACSM4P0C7M7 580 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NAT2P11245 290 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 FUT1P19526 365 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TBXA2RP21731 343 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 CTXN1P60606 82 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 FCRLBQ6BAA4 426 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 AAED1Q7RTV5 226 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TMEM100Q9NV29 134 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 CTSFQ9UBX1 484 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 UBE2J1Q9Y385 318 aaPredicted RBP6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TMEM184BQ9Y519 407 aaPredicted RBP6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SNRNP200O75643 2136 aaKnown RBP6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NPIPA5A0A0B4J1W7 369 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TCRBV16S1A1N1A0A5B0 115 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ZNF98A6NK75 572 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NPIPA7E9PJI5 369 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SMLR1H3BR10 107 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NPIPA8P0DM63 369 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 IRF2P14316 349 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 NFYBP25208 207 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 SNCAP37840 140 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TAS2R30P59541 319 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 HOXC5Q00444 222 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TMEM176BQ3YBM2 270 aaPredicted RBP6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 ACSM5Q6NUN0 579 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 IL34Q6ZMJ4 242 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 MEPCEQ7L2J0 689 aaKnown RBP6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 BPIFB2Q8N4F0 458 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 OR52I1Q8NGK6 324 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 JAM3Q9BX67 310 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 UBQLN3Q9H347 655 aa6.91□□□□□ -1.3
USP54-210ENST00000466048 TMED7-TICAM2A0A0A6YYA0 188 aa6.91□□□□□ -1.3
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.3 ms