RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000614678.1

CPNE3-208, Transcript of copine 3, human

TSL 1 (best)

Gene CPNE3, Length 4,201 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM157A	C9JC47	383 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF593	O00488	134 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KHDRBS3	O75525	346 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	IGHV1-46	P01743	117 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF16	P17020	682 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	RAP1B	P61224	184 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	RAP1A	P62834	184 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PTGES3	Q15185	160 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	EFNB3	Q15768	340 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	NKPD1	Q17RQ9	610 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ANKDD1A	Q495B1	522 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	KLHL12	Q53G59	568 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ARHGAP24	Q8N264	748 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TAF15	Q92804	592 aa	Known RBP eCLIP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MSI2	Q96DH6	328 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	POM121	Q96HA1	1249 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	PITX2	Q99697	317 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	USB1	Q9BQ65	265 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DGCR6L	Q9BY27	220 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF442	Q9H7R0	627 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF275	Q9NSD4	429 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	CENPM	Q9NSP4	180 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	FAIM	Q9NVQ4	179 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZKSCAN7	Q9P0L1	754 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	COPS3	Q9UNS2	423 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	IGLV3-9	A0A075B6K5	115 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	VWC2L	B2RUY7	222 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678		M0R233	179 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	MLNR	O43193	412 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	AHCYL1	O43865	530 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF250	P15622	560 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF23	P17027	643 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	GDI2	P50395	445 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TAF11	Q15544	211 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	TMEM249	Q2WGJ8	235 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SSX6	Q7RTT6	188 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	ERI1	Q8IV48	349 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	OR1F12	Q8NHA8	337 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SYNPR	Q8TBG9	265 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	AP4S1	Q9Y587	144 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	DOCK11	Q5JSL3	2073 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CPNE3-208	ENST00000614678	SURF4	O15260	269 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	CLIC3	O95833	236 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	HOXB1	P14653	301 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	ZNF92	Q03936	586 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	MPPED2	Q15777	294 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	GFOD2	Q3B7J2	385 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	TMEM53	Q6P2H8	277 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	USP51	Q70EK9	711 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	FGFRL1	Q8N441	504 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	OR2T33	Q8NG76	320 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	ST7L	Q8TDW4	575 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	CCL17	Q92583	94 aa		4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	SOX21	Q9Y651	276 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678		F5H5P2	479 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	GOSR1	O95249	250 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	STAMBP	O95630	424 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	SNAP29	O95721	258 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	ACSM4	P0C7M7	580 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	IGHV4-31	P0DP07	118 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	KLF3	P57682	345 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	CDK5	Q00535	292 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	PLP2	Q04941	152 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	AQP6	Q13520	282 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	RIN1	Q13671	783 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	GK2	Q14410	553 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	LRRC36	Q1X8D7	754 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	GPR139	Q6DWJ6	353 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	OR4F15	Q8NGB8	312 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	OR6N2	Q8NGY6	317 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	DCLRE1C	Q96SD1	692 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	TBX5	Q99593	518 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	DNAJB9	Q9UBS3	223 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	KLHL21	Q9UJP4	597 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	C17orf100	A8MU93	164 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	RP2	O75695	350 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	AVP	P01185	164 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	PMEL	P40967	661 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	NR4A2	P43354	598 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	SMIM11A	P58511	58 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	HIST1H3A	P68431	136 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	PRB3	Q04118	309 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	COX10	Q12887	443 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	HIST2H3PS2	Q5TEC6	136 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	FAHD1	Q6P587	224 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	CLEC2A	Q6UVW9	174 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	PRSS57	Q6UWY2	283 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	LRRN1	Q6UXK5	716 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	HIST2H3A	Q71DI3	136 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	ADCK1	Q86TW2	530 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	BATF2	Q8N1L9	274 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	OR2Z1	Q8NG97	314 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	OR52L1	Q8NGH7	329 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	MDFI	Q99750	246 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	RHNO1	Q9BSD3	238 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	CMC2	Q9NRP2	79 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	PMF1-BGLAP	U3KQ54	211 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	REN	P00797	406 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CPNE3-208	ENST00000614678	OSM	P13725	252 aa		4.83	□□□□□ -1.64

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