RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555905.5

TMEM260-208, Transcript of transmembrane protein 260, human

TSL 5

Gene TMEM260, Length 766 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM260-208	ENST00000555905		H0YIN7	160 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	NPR1	P16066	1061 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	LRRC24	Q50LG9	513 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	SASH1	O94885	1247 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	GRAP	Q13588	217 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	METTL24	Q5JXM2	366 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	MASTL	Q96GX5	879 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TMEM260-208	ENST00000555905	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	SRGN	P10124	158 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	ALDH1B1	P30837	517 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	TFCP2	Q12800	502 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	SPON1	Q9HCB6	807 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	BBOX1	O75936	387 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	STYK1	Q6J9G0	422 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	TMC4	Q7Z404	712 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		13.57	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	SOCS7	O14512	581 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	PTGER2	P43116	358 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	RGS3	P49796	1198 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	AACS	Q86V21	672 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	13.56	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	GPR108	Q9NPR9	543 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	COL4A1	P02462	1669 aa		13.56	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	PDE4A	P27815	886 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	CHRND	Q07001	517 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	TNNI3K	Q59H18	835 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	CNKSR1	Q969H4	720 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	GPATCH3	Q96I76	525 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	CACNA1S	Q13698	1873 aa		13.55	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905		A0A1B0GUL6	1792 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	PDE8B	O95263	885 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	CHRNA5	P30532	468 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	TGFB2	P61812	414 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	SKAP1	Q86WV1	359 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	ZNF609	O15014	1411 aa		13.54	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	MX1	P20591	662 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	ATP2B3	Q16720	1220 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	KLHL34	Q8N239	644 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
TMEM260-208	ENST00000555905		A0A1B0GUL7	405 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TAF5L	O75529	589 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	SLC5A1	P13866	664 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	DPEP1	P16444	411 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	KCNJ4	P48050	445 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	GORAB	Q5T7V8	394 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	SP8	Q8IXZ3	490 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	OTUD7A	Q8TE49	926 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	LPIN2	Q92539	896 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		13.52	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	XDH	P47989	1333 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	AOX1	Q06278	1338 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TTC41P	Q6P2S7	1318 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905		A0A0G2JLW4	131 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	PDE1A	P54750	535 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TIMM10	P62072	90 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TTLL6	Q8N841	843 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	STAP2	Q9UGK3	403 aa		13.51	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	SLX4	Q8IY92	1834 aa		13.5	□□□□□ -0.25

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