RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	CHD3	Q12873	2000 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	NIPBL	Q6KC79	2804 aa	eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	NAV3	Q8IVL0	2385 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	IGHV4-30-2	A0A087WSY4	118 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404		A6NIZ1	184 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	FFAR1	O14842	300 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC2A10	O95528	541 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	IGHM	P01871	453 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	PATE4	P0C8F1	98 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC25A16	P16260	332 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	ITGA2	P17301	1181 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	MAK	P20794	623 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	CTXN1	P60606	82 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	RAP1B	P61224	184 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	RAP1A	P62834	184 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	HSF2	Q03933	536 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	HGFAC	Q04756	655 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	PLP2	Q04941	152 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	FMOD	Q06828	376 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	SWI5	Q1ZZU3	235 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	NRN1L	Q496H8	165 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	C10orf128	Q5T292	105 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	ARMC4	Q5T2S8	1044 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	DNM1P46	Q6ZS02	220 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	ANKS4B	Q8N8V4	417 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC30A7	Q8NEW0	376 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	FNDC8	Q8TC99	324 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	NSMAF	Q92636	917 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	MCUR1	Q96AQ8	359 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	NSMCE2	Q96MF7	247 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	SORCS2	Q96PQ0	1159 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	PIMREG	Q9BSJ6	248 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	ALG12	Q9BV10	488 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPL13	Q9BYD1	178 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	RAB1B	Q9H0U4	201 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	C1orf198	Q9H425	327 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	NMNAT1	Q9HAN9	279 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	CDH20	Q9HBT6	801 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	MYOZ1	Q9NP98	299 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	CCNB1IP1	Q9NPC3	277 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	DCAF13	Q9NV06	445 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC7A8	Q9UHI5	535 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	CMAHP	Q9Y471	501 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404	ZFHX3	Q15911	3703 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHMP3-208	ENST00000486404		A0A087WUU8	490 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	IQCM	A0A1B0GVH7	501 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404		A0A1W2PPL8	197 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	DYNC1I1	O14576	645 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	XKRY	O14609	159 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LY6H	O94772	140 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	F12	P00748	615 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PTH	P01270	115 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TSPAN19	P0C672	248 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	HSD17B1	P14061	328 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NR4A1	P22736	598 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	GUCA1A	P43080	201 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PDLIM4	P50479	330 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MNAT1	P51948	309 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LSM11	P83369	360 aa	Known RBP eCLIP	11.14	□□□□□ -0.63	7e-8	■□□□□ 11.1
CHMP3-208	ENST00000486404	SPIB	Q01892	262 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LAPTM4A	Q15012	233 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	HIST3H3	Q16695	136 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TBC1D28	Q2M2D7	210 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MST1L	Q2TV78	715 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LRRC18	Q8N456	261 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	HDAC2	Q92769	488 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM46A	Q96IP4	442 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TSPAN32	Q96QS1	320 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SEPHS2	Q99611	448 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LRMDA	Q9H2I8	198 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ARL8B	Q9NVJ2	186 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	AURKC	Q9UQB9	309 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CSPG4	Q6UVK1	2322 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404		A0A1W2PPW3	197 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404		A0A1W2PRQ8	180 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC22A23	A1A5C7	686 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	INAFM1	C9JVW0	142 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404		M0R233	179 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ARPC2	O15144	300 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	GPRIN2	O60269	458 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PRSS23	O95084	383 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SERPINA5	P05154	406 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	HOXB4	P17483	251 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	RHCE	P18577	417 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FUT4	P22083	530 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPS34	P82930	218 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	DGCR6	Q14129	220 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SGCA	Q16586	387 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PODNL1	Q6PEZ8	512 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TBPL2	Q6SJ96	375 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PIGW	Q7Z7B1	504 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	DEFB107A	Q8IZN7	70 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM86B1	Q8N7N1	296 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	OR1J2	Q8NGS2	313 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC7A13	Q8TCU3	470 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	C10orf105	Q8TEF2	133 aa		11.13	□□□□□ -0.63

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