RNA–Protein interactions for RNA: YLR211C

ATG38, Transcript of Homodimeric subunit of autophagy-specific PtdIns-3-kinase complex I, yeast

Gene ATG38, Length 681 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
ATG38	YLR211C	STI1	P15705	589 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.9	□□□□□ -1.63	not detected
ATG38	YLR211C	SPC29	P33419	253 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	GGA2	P38817	585 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	SAK1	P38990	1142 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	PFA3	P42836	336 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	NNF1	P47149	201 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	STB4	P50104	949 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	MAL11	P53048	616 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	DAM1	P53267	343 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	ATP25	Q03153	612 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	YBR182C-A	Q8TGU6	64 aa		4.9	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	PRC1	P00729	532 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	GAL11	P19659	1081 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	SCT1	P32784	759 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	YBR053C	P38235	358 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	ELO3	P40319	345 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	MUP1	P50276	574 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	TMN2	Q04562	672 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	FRE5	Q08908	694 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	YOL098C	Q12496	1037 aa		4.89	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	PPS1	P38148	807 aa		4.88	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	YLR415C	O13578	112 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	PER1	P25625	357 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	OCA5	P38738	679 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	GDH3	P39708	457 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	PZF1	P39933	429 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	GIS1	Q03833	894 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	DLT1	Q04216	342 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	YDR514C	Q04408	483 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	YDR338C	Q05497	695 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	ADY4	Q05955	493 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	OMS1	Q06668	471 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	REH1	Q06709	432 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	MET3	P08536	511 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	SET5	P38890	526 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	PKH1	Q03407	766 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	CAF20	P12962	161 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	SAP190	P36123	1033 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	RLP7	P40693	322 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	BUD6	P41697	788 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	ZIP2	P53061	704 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	MCH5	Q08777	521 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	TGL5	Q12043	749 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	TIM23	P32897	222 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	PBP2	P38151	413 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.84	□□□□□ -1.63	not detected
ATG38	YLR211C	UBA2	P52488	636 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	NRG1	Q03125	231 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	RPN4	Q03465	531 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	RSC3	Q06639	885 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	ACF2	Q12168	779 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATG38	YLR211C	SIC1	P38634	284 aa		4.83	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	YJL163C	P46996	555 aa		4.83	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	DIF1	O13577	133 aa		4.82	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	SRP40	P32583	406 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	MTC2	P34246	357 aa		4.82	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	CHZ1	P40019	153 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	HSV2	P50079	448 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	GND2	P53319	492 aa		4.82	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	IRC13	Q08630	104 aa		4.82	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	MTH1	P35198	433 aa		4.81	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	MCD4	P36051	919 aa		4.81	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	HOS4	P40480	1083 aa		4.81	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	SHR5	P41912	237 aa		4.81	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	QRI1	P43123	477 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	ALY2	P47029	1046 aa		4.81	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	MEF1	P25039	761 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	YKL091C	P33324	310 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	YIR042C	P40586	236 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	AMA1	P50082	593 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	ZDS1	P50111	915 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	TEX1	P53851	422 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	CRR1	Q05790	422 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	IRC10	Q08118	586 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	YOR131C	Q12486	218 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	CDC9	P04819	755 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	LAT1	P12695	482 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	MIH1	P23748	554 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	NGG1	P32494	702 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	SDS3	P40505	327 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	MTR3	P48240	250 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	MDM12	Q92328	271 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	YLR149C	Q99296	730 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	SPC42	P36094	363 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	YHL017W	P38745	532 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	NUP82	P40368	713 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	Q0142	Q9ZZW4	58 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ATG38	YLR211C	BCD1	P38772	366 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	BAP3	P41815	604 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	TIM44	Q01852	431 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	SUT2	Q12286	268 aa		4.77	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	CIT2	P08679	460 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	YPT53	P36019	220 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	YBR259W	P38338	688 aa		4.76	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	RGC1	Q06108	1083 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	MSL5	Q12186	476 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.76	□□□□□ -1.65	not detected
ATG38	YLR211C	ADE2	P21264	571 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	YHR112C	P38716	378 aa		4.75	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	PCL5	P38794	229 aa		4.75	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	LYS9	P38999	446 aa		4.75	□□□□□ -1.65
ATG38	YLR211C	CAF16	P43569	289 aa		4.75	□□□□□ -1.65

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