RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	TM6SF1	Q9BZW5	370 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	SNRK	Q9NRH2	765 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		10	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	NUP98	P52948	1817 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ATP6V1A	P38606	617 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	CHMP4C	Q96CF2	233 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	HAUS7	Q99871	368 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	LSG1	Q9H089	658 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ZSCAN21	Q9Y5A6	473 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	RREB1	Q92766	1687 aa		9.99	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	PDE8A	O60658	829 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	CSF1R	P07333	972 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	NLRP10	Q86W26	655 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	PALLD	Q8WX93	1383 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF609	O15014	1411 aa		9.98	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	CTSW	P56202	376 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	SIK1	P57059	783 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	NMI	Q13287	307 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	VPS53	Q5VIR6	699 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	CLEC17A	Q6ZS10	378 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	TMX3	Q96JJ7	454 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		9.97	□□□□□ -0.81
PNKP-231	ENST00000640501		A0A1B0GUL7	405 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CD2BP2	O95400	341 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CUL4A	Q13619	759 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	MAP4K1	Q92918	833 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	FAM89A	Q96GI7	184 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	C8orf37	Q96NL8	207 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	LAMB2	P55268	1798 aa		9.96	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	GPT	P24298	496 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	SSFA2	P28290	1259 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	NECTIN1	Q15223	517 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	METTL24	Q5JXM2	366 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	KCNB2	Q92953	911 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	PDRG1	Q9NUG6	133 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	PALD1	Q9ULE6	856 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	RBM8A	Q9Y5S9	174 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	MED23	Q9ULK4	1368 aa		9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	9.95	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	TRAK2	O60296	914 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	ITGA6	P23229	1130 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	ATP2B3	Q16720	1220 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	CREB3L3	Q68CJ9	461 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	RUFY3	Q7L099	469 aa		9.94	□□□□□ -0.82
PNKP-231	ENST00000640501	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		9.94	□□□□□ -0.82

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