RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637110.1

CLN3-257, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 565 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-257ENST00000637110 PRPF38BQ5VTL8 546 aaKnown RBP15.02■□□□□ -0
CLN3-257ENST00000637110 LRP10Q7Z4F1 713 aa15.02■□□□□ -0
CLN3-257ENST00000637110 ZNF34Q8IZ26 560 aa15.02■□□□□ -0
CLN3-257ENST00000637110 RPGRQ92834 1020 aaKnown RBP15.02■□□□□ -0
CLN3-257ENST00000637110 HHIPL1Q96JK4 782 aa15.02■□□□□ -0
CLN3-257ENST00000637110 PSMD1Q99460 953 aa15.02■□□□□ -0
CLN3-257ENST00000637110 KLRG2A4D1S0 409 aaPredicted RBP15.01□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 TRAF5O00463 557 aa15.01□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP15.01□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 SAPCD2Q86UD0 394 aa15.01□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 WWC1Q8IX03 1113 aa15.01□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 UTP14AQ9BVJ6 771 aaKnown RBP15.01□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 HYPKQ9NX55 129 aa15.01□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 CCDC27Q2M243 656 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 OLFM4Q6UX06 510 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 C8orf58Q8NAV2 365 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 TSR2Q969E8 191 aaKnown RBP15□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 ZNF428Q96B54 188 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 ABCC12Q96J65 1359 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 CELF2O95319 508 aaKnown RBP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 NTSR2O95665 410 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 EPS15P42566 896 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 SCNN1DP51172 638 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 TCIRG1Q13488 830 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 GRIPAP1Q4V328 841 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 PLBD2Q8NHP8 589 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 NLRP3Q96P20 1036 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 CHMP4AQ9BY43 222 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 GOLGA2Q08379 1002 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 CCDC30Q5VVM6 783 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 RIC3Q7Z5B4 369 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP14.98□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP14.98□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 IBTKQ9P2D0 1353 aaPredicted RBP14.98□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 NOGQ13253 232 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 CIAPIN1Q6FI81 312 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 NLRP10Q86W26 655 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 LARGE2Q8N3Y3 721 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 ADARB2Q9NS39 739 aaKnown RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 SOX10P56693 466 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 TSPYL6Q8N831 410 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 STK31Q9BXU1 1019 aa14.96□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 PHAXQ9H814 394 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CLN3-257ENST00000637110 SH3TC1Q8TE82 1336 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 SNED1Q8TER0 1413 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 DDX58O95786 925 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 CRY2Q49AN0 593 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 NIM1KQ8IY84 436 aa14.95□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 IL16Q14005 1332 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 SLC10A5Q5PT55 438 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 WDR63Q8IWG1 891 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 ZNF408Q9H9D4 720 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 SAGE1Q9NXZ1 904 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 GPRC5DQ9NZD1 345 aa14.94□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 COL4A5P29400 1685 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP14.93□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 C3orf67Q6ZVT6 689 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 MYD88Q99836 296 aa14.93□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 HOXA10P31260 410 aaPredicted RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 ZC3H15Q8WU90 426 aaKnown RBP14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 GCC1Q96CN9 775 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 FAM89AQ96GI7 184 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 CRAMP1Q96RY5 1269 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 ISCA1Q9BUE6 129 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 ANKRD36CQ5JPF3 1778 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 RIC1Q4ADV7 1423 aa14.92□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 CDC37L1Q7L3B6 337 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 GLIS2Q9BZE0 524 aaPredicted RBP14.91□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 AKAP11Q9UKA4 1901 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 CDHR2Q9BYE9 1310 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 FANCIQ9NVI1 1328 aa14.91□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 PPIP5K2O43314 1243 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 SLC4A2P04920 1241 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 VPS33BQ9H267 617 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 MYH16Q9H6N6 1097 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 PGAP2Q9UHJ9 254 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-257ENST00000637110 HUNKP57058 714 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 EXOSC9Q06265 439 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 ABCC4O15439 1325 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 IRS4O14654 1257 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 NEXNQ0ZGT2 675 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 KSR2Q6VAB6 950 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 CTU1Q7Z7A3 348 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 METTL22Q9BUU2 404 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 PI4KAP2A4QPH2 592 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 BBOX1O75936 387 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 GMPSP49915 693 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-257ENST00000637110 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.1 ms