RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564744.1

RPL4-208, Transcript of ribosomal protein L4, human

TSL 2

Gene RPL4, Length 671 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RPL4-208	ENST00000564744	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		10.72	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		10.72	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		10.72	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	PDE8A	O60658	829 aa		10.71	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	SRGN	P10124	158 aa		10.71	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	KCNA3	P22001	575 aa		10.71	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	TGFB2	P61812	414 aa		10.71	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	USP44	Q9H0E7	712 aa		10.71	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		10.71	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		10.71	□□□□□ -0.69
RPL4-208	ENST00000564744	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		10.7	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	10.7	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CTSW	P56202	376 aa		10.7	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	MASTL	Q96GX5	879 aa		10.7	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		10.7	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	BCS1L	Q9Y276	419 aa		10.7	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744		A0A1B0GUL6	1792 aa		10.7	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	UTY	O14607	1347 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	NPR1	P16066	1061 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	FOXO4	P98177	505 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	FAM161A	Q3B820	660 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CRY2	Q49AN0	593 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	STYK1	Q6J9G0	422 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	KAZALD1	Q96I82	304 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	GREM2	Q9H772	168 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	PIM2	Q9P1W9	311 aa		10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	10.69	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	MS4A1	P11836	297 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	10.68	□□□□□ -0.7	2e-54	■□□□□ 8.8
RPL4-208	ENST00000564744	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	OLFM4	Q6UX06	510 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CRBN	Q96SW2	442 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		10.68	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	GPR162	Q16538	588 aa		10.67	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	TTLL6	Q8N841	843 aa		10.67	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CNKSR1	Q969H4	720 aa		10.67	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		10.67	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		10.67	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	C21orf2	O43822	256 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	GNAI3	P08754	354 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	ITGA6	P23229	1130 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	GRAP	Q13588	217 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	PDE3A	Q14432	1141 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	SBF1	O95248	1867 aa		10.66	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	GNAI2	P04899	355 aa		10.65	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	CSF1R	P07333	972 aa		10.65	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		10.65	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		10.65	□□□□□ -0.7
RPL4-208	ENST00000564744	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		10.64	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	ALDH1B1	P30837	517 aa		10.64	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	RASSF7	Q02833	373 aa		10.64	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		10.64	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		10.64	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	RTL9	Q8NET4	1388 aa		10.64	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	CHD4	Q14839	1912 aa		10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	LTBP1	Q14766	1721 aa		10.63	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	CCDC93	Q567U6	631 aa		10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	SIL1	Q9H173	461 aa		10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	SRGAP3	O43295	1099 aa		10.61	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	BBOX1	O75936	387 aa		10.61	□□□□□ -0.71
RPL4-208	ENST00000564744	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71

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