RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485792.1

CUX1-208, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 5

Gene CUX1, Length 564 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-208	ENST00000485792	VRK2	Q86Y07	508 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	MCEMP1	Q8IX19	187 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF440	Q8IYI8	595 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	OR10Q1	Q8NGQ4	319 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	OR52P1P	Q8NH57	321 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	BBS10	Q8TAM1	723 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	SLC25A43	Q8WUT9	341 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	WDR60	Q8WVS4	1066 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	TMEM234	Q8WY98	164 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	OSTF1	Q92882	214 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	CPNE4	Q96A23	557 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	INTS12	Q96CB8	462 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	GMPPA	Q96IJ6	420 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	EAF1	Q96JC9	268 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	KLHL15	Q96M94	604 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF583	Q96ND8	569 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	SPATA9	Q9BWV2	254 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	PINK1	Q9BXM7	581 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	POTEKP	Q9BYX7	375 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	PCDHAC1	Q9H158	963 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	EVA1A	Q9H8M9	152 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	NANOG	Q9H9S0	305 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	C12orf10	Q9HB07	376 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	MCCC2	Q9HCC0	563 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	ARMCX1	Q9P291	453 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	STOML1	Q9UBI4	398 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	SEC14L4	Q9UDX3	406 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	CHRNA9	Q9UGM1	479 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	OSGIN1	Q9UJX0	560 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	PACSIN3	Q9UKS6	424 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	CORO2B	Q9UQ03	480 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF443	Q9Y2A4	671 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	IFT52	Q9Y366	437 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	NDUFAF1	Q9Y375	327 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CUX1-208	ENST00000485792	CUBN	O60494	3623 aa		5.09	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	NIPBL	Q6KC79	2804 aa	eCLIP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	DOCK11	Q5JSL3	2073 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	IGKV1D-42	A0A075B6H8	117 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CFAP73	A6NFT4	308 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	GJE1	A6NN92	205 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF716	A6NP11	495 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF724	A8MTY0	619 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	BBIP1	A8MTZ0	92 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	FTCDNL1	E5RQL4	147 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	GTPBP1	O00178	669 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	DYNC1I1	O14576	645 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	TNFSF11	O14788	317 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	SMAD9	O15198	467 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CXCL13	O43927	109 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	SNX3	O60493	162 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CTAG2	O75638	210 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CNOT4	O95628	575 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	LGI1	O95970	557 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	BCHE	P06276	602 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	TROVE2	P10155	538 aa	Known RBP eCLIP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	IMPDH2	P12268	514 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	NCF2	P19878	526 aa	Predicted RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	PTN	P21246	168 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	DRD4	P21917	467 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	BMP5	P22003	454 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	SLC6A2	P23975	617 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	AGTR1	P30556	359 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	SSTR2	P30874	369 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CRAT	P43155	626 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	HTR3A	P46098	478 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	FOXG1	P55316	489 aa	Predicted RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CARD18	P57730	90 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	MTPN	P58546	118 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	RPS3A	P61247	264 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CDK6	Q00534	326 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	SRY	Q05066	204 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	DMTN	Q08495	405 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	VEZF1	Q14119	521 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	CAPRIN1	Q14444	709 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	RNPS1	Q15287	305 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	TESK1	Q15569	626 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	TRMT5	Q32P41	509 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	TMEM176B	Q3YBM2	270 aa	Predicted RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	GPAT3	Q53EU6	434 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	HSP90B2P	Q58FF3	399 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	SYT14P1	Q58G82	188 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	RABL3	Q5HYI8	236 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	C6orf10	Q5SRN2	563 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	ABLIM2	Q6H8Q1	611 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	HACD2	Q6Y1H2	254 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	DHDDS	Q86SQ9	333 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	KRTAP1-3	Q8IUG1	177 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	PEX5L	Q8IYB4	626 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	ZZZ3	Q8IYH5	903 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	UBQLNL	Q8IYU4	475 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	GABRG1	Q8N1C3	465 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	SLC43A2	Q8N370	569 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792		Q8N3U1	123 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	ANKS4B	Q8N8V4	417 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	OR8J3	Q8NGG0	315 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	OR6K3	Q8NGY3	331 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	FAM222B	Q8WU58	562 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	ABHD3	Q8WU67	409 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	C3orf49	Q96BT1	292 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CUX1-208	ENST00000485792	LRRC58	Q96CX6	371 aa		5.08	□□□□□ -1.6

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