RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	ME2	P23368	584 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	THBS4	P35443	961 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	LIMS1	P48059	325 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CLK3	P49761	638 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF41	P51814	821 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CCNG1	P51959	295 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NCBP2	P52298	156 aa	Known RBP eCLIP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ALDH18A1	P54886	795 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RAC3	P60763	192 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SRSF3	P84103	164 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	BTK	Q06187	659 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FOXL1	Q12952	345 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC29A2	Q14542	456 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ADRM1	Q16186	407 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ATP6AP1L	Q52LC2	224 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FBLN7	Q53RD9	439 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ELFN2	Q5R3F8	820 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DDX59	Q5T1V6	619 aa	Known RBP eCLIP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TSPO2	Q5TGU0	170 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CD276	Q5ZPR3	534 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SHQ1	Q6PI26	577 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FRMD7	Q6ZUT3	714 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RAPH1	Q70E73	1250 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OLIG3	Q7RTU3	272 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PAGE2	Q7Z2X7	111 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GALNT5	Q7Z7M9	940 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PDIK1L	Q8N165	341 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OR2L13	Q8N349	312 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC43A2	Q8N370	569 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PTGR2	Q8N8N7	351 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SPC24	Q8NBT2	197 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF540	Q8NDQ6	660 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	BHLHE22	Q8NFJ8	381 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	B4GALNT2	Q8NHY0	566 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RFWD2	Q8NHY2	731 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR151	Q8TDV0	419 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR119	Q8TDV5	335 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ACTRT2	Q8TDY3	377 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	WDR60	Q8WVS4	1066 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SELENOM	Q8WWX9	145 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	JADE3	Q92613	823 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	HOXB13	Q92826	284 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DVL3	Q92997	716 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ATP6V1E2	Q96A05	226 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FOXRED1	Q96CU9	486 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ELP4	Q96EB1	424 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PHF21B	Q96EK2	531 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GIMAP5	Q96F15	307 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF48	Q96MX3	618 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OR5B2	Q96R09	309 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FAIM2	Q9BWQ8	316 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TRIM31	Q9BZY9	425 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FKRP	Q9H9S5	495 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NMRAL1	Q9HBL8	299 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511		Q9N2J8	555 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CA10	Q9NS85	328 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ACSS1	Q9NUB1	689 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ASB6	Q9NWX5	421 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GIN1	Q9NXP7	522 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	AHSP	Q9NZD4	102 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	KLHL9	Q9P2J3	617 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OPN4	Q9UHM6	478 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PCTP	Q9UKL6	214 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PLA2G2D	Q9UNK4	145 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PTGDR2	Q9Y5Y4	395 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	KCNE3	Q9Y6H6	103 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	AFDN-AS1	Q9Y6Z5	254 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DOCK11	Q5JSL3	2073 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A087WV62	115 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TCRBV9S1A1T	A0A576	114 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM159B	A6NKW6	160 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	hCG_2039718	K7EN88	272 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PLPP2	O43688	288 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PCDH7	O60245	1069 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	COQ9	O75208	318 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GUCY1B2	O75343	617 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SKAP2	O75563	359 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	KCNK2	O95069	426 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SNUPN	O95149	360 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NUDT14	O95848	222 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FSHB	P01225	129 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C2	P06681	752 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ADRA2A	P08913	450 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SBK3	P0C264	359 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CECR9	P0C854	216 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GP5	P40197	560 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ASMT	P46597	345 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DIO1	P49895	249 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PPOX	P50336	477 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SEC24C	P53992	1094 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PRKAG1	P54619	331 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TRA2B	P62995	288 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	IL1RL1	Q01638	556 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C2orf80	Q0P641	193 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	IFT88	Q13099	833 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	EFNB3	Q15768	340 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DUSP5	Q16690	384 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TECRL	Q5HYJ1	363 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ABLIM2	Q6H8Q1	611 aa		4.53	□□□□□ -1.68

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