RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	GLS	O94925	669 aa	Predicted RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	KCNK2	O95069	426 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SNX4	O95219	450 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	PSMG1	O95456	288 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	STAMBP	O95630	424 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	IGHG3	P01860	377 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	RAF1	P04049	648 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	HNRNPCL4	P0DMR1	293 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ETFA	P13804	333 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	BMP5	P22003	454 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CPA2	P48052	419 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	MASP1	P48740	699 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CRISP3	P54108	245 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	FBXW4	P57775	412 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	PSME3	P61289	254 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	RPS26	P62854	115 aa	Known RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ2	P63252	427 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	DUSP8	Q13202	625 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	KEAP1	Q14145	624 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CAPRIN1	Q14444	709 aa	Known RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SLC10A1	Q14973	349 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	GPR68	Q15743	365 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	NTRK2	Q16620	822 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A35	Q3KQZ1	300 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	GTDC1	Q4AE62	458 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	GCNT6	Q5T4J0	391 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	INTS11	Q5TA45	600 aa	Known RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	FAM91A1	Q658Y4	838 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SLC30A6	Q6NXT4	461 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	PAMR1	Q6UXH9	720 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CLEC9A	Q6UXN8	241 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	HACD2	Q6Y1H2	254 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CCDC121	Q6ZUS5	278 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	KRT73	Q86Y46	540 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SLC30A8	Q8IWU4	369 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	FAM109A	Q8N4B1	249 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	METTL25	Q8N6Q8	603 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ZNF441	Q8N8Z8	693 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	GOLM1	Q8NBJ4	401 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	RELL2	Q8NC24	303 aa	Predicted RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	OR4N2	Q8NGD1	307 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	OR8J3	Q8NGG0	315 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	OR10A6	Q8NH74	314 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SPPL2A	Q8TCT8	520 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	RAB8B	Q92930	207 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SARAF	Q96BY9	339 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	EFHD2	Q96C19	240 aa	Predicted RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	AURKB	Q96GD4	344 aa	Predicted RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	C18orf12	Q96KH6	178 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	JSRP1	Q96MG2	331 aa	Predicted RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	TRNT1	Q96Q11	434 aa	Known RBP	7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ZNF607	Q96SK3	696 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	FAM173A	Q9BQD7	235 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SPATA9	Q9BWV2	254 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	POLE3	Q9NRF9	147 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	UBQLN4	Q9NRR5	601 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ARL8B	Q9NVJ2	186 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	WDR45	Q9Y484	360 aa		7.92	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	TRGV5	A0A0B4J1U4	118 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GVC2	190 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	KDM4E	B2RXH2	506 aa	Predicted RBP	7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	HMGN4	O00479	90 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	AQP7	O14520	342 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	GYG2	O15488	501 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SUSD5	O60279	629 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SERPINB7	O75635	380 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	UTS2	O95399	124 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	IFNA14	P01570	189 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	INHBB	P09529	407 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CCL3	P10147	92 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	IL7R	P16871	459 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	GPX2	P18283	190 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ATP12A	P54707	1039 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	MTPN	P58546	118 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	RBBP4	Q09028	425 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SNTA1	Q13424	505 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CPEB4	Q17RY0	729 aa	Known RBP eCLIP	7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	DEFB113	Q30KQ7	82 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ZNF791	Q3KP31	576 aa	Predicted RBP	7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	CCNJ	Q5T5M9	372 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	RIPPLY2	Q5TAB7	128 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	REEP3	Q6NUK4	255 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ERICH5	Q6P6B1	374 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	NPSR1	Q6W5P4	371 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	LRRC74B	Q6ZQY2	392 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	IFNE	Q86WN2	208 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	PEX5L	Q8IYB4	626 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ZNF614	Q8N883	585 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	C11orf65	Q8NCR3	313 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	NAXE	Q8NCW5	288 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	FAM110B	Q8TC76	370 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	MBD6	Q96DN6	1003 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SDF2	Q99470	211 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	DOHH	Q9BU89	302 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	PIF1	Q9H611	641 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SPAG4	Q9NPE6	437 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	ST6GALNAC1	Q9NSC7	600 aa	Predicted RBP	7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SLC6A13	Q9NSD5	602 aa		7.91	□□□□□ -1.14
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A37	Q9NYZ2	338 aa		7.91	□□□□□ -1.14

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