RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 DMGDHQ9UI17 866 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 DLGAP4Q9Y2H0 992 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 MAP1AP78559 2803 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP21Q5T5U3 1957 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 PLOD2O00469 737 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 TO15178 435 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 SUPT7LO94864 414 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 HRGP04196 525 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 CT45A8P0DMV1 189 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 CT45A9P0DMV2 189 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 LHX2P50458 406 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 CKAP4Q07065 602 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 CT45A2Q5DJT8 189 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 SCIMPQ6UWF3 145 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 NPSR1Q6W5P4 371 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 IFNEQ86WN2 208 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 RELL1Q8IUW5 271 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 OR4N2Q8NGD1 307 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 WNT2BQ93097 391 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 TMCO6Q96DC7 493 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 SFXN3Q9BWM7 321 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 NMRK1Q9NWW6 199 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 CLCF1Q9UBD9 225 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-246ENST00000636228 SH3D21A4FU49 640 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 OR6C70A6NIJ9 312 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 ZIC3O60481 467 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TSPAN2O60636 221 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TGM6O95932 706 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 HTR6P50406 440 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TRA2BP62995 288 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 BTKQ06187 659 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 LARP4Q71RC2 724 aaKnown RBP eCLIP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TAOK1Q7L7X3 1001 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 EFHD2Q96C19 240 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 APIPQ96GX9 242 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 SFXN2Q96NB2 322 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TM9SF2Q99805 663 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 C1QTNF3Q9BXJ4 246 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 EBPLQ9BY08 206 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 ACPTQ9BZG2 426 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TMEM216Q9P0N5 145 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 MCM8Q9UJA3 840 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 DKKL1Q9UK85 242 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 WIF1Q9Y5W5 379 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 FREM3P0C091 2139 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 ANKHD1Q8IWZ3 2542 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 GNG14A0A1W2PPG7 69 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 PCDH7O60245 1069 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 DLX3O60479 287 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 URI1O94763 535 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 CD53P19397 219 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 IL12BP29460 328 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 SRD5A2P31213 254 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 CPOXP36551 454 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 CLDN18P56856 261 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 FAM27E3Q08E93 113 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 PRSS53Q2L4Q9 553 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 ZNF678Q5SXM1 525 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 AAGABQ6PD74 315 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 GRAMD2AQ8IUY3 354 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 SLC44A2Q8IWA5 706 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 UBQLNLQ8IYU4 475 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 NOA1Q8NC60 698 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 OR7G2Q8NG99 324 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 METTL6Q8TCB7 284 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 ZNF675Q8TD23 568 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 C16orf78Q8WTQ4 265 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 SLC35A4Q96G79 324 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 VSTM2LQ96N03 204 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 DACH2Q96NX9 599 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 BTBD9Q96Q07 612 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TMEM237Q96Q45 408 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 UCN2Q96RP3 112 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 FOLH1BQ9HBA9 442 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TIMM22Q9Y584 194 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TNFSF12-TNFSF13A0A0A6YY99 330 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 A0A1W2PNV4 684 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 A8MXE2 369 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 H0YC42 278 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 CASKO14936 926 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 SCO2O43819 266 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 ULK1O75385 1050 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TNFSF13O75888 250 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 BCAS2O75934 225 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 SMNDC1O75940 238 aaKnown RBP eCLIP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 KRT6AP02538 564 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 KRT6BP04259 564 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 SNRPAP09012 282 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 FOSL1P15407 271 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 GRK2P25098 689 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 DPP4P27487 766 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 ECHS1P30084 290 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 HMOX2P30519 316 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 HOXC12P31275 282 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 KRT20P35900 424 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 KRT6CP48668 564 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 GAS1P54826 345 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 TPD52P55327 224 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 CSTF3Q12996 717 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-246ENST00000636228 RASA2Q15283 850 aa14.62□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54 ms