RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540445.5

LMO3-222, Transcript of LIM domain only 3, human

TSL 2 BASIC

Gene LMO3, Length 906 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMO3-222	ENST00000540445	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	NBPF15	Q8N660	670 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	RGL2	O15211	777 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	HSPA6	P17066	643 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	RASSF7	Q02833	373 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	TTLL6	Q8N841	843 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	NMRK2	Q9NPI5	230 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	RNF181	Q9P0P0	153 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		11.84	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	MYL6B	P14649	208 aa		11.83	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	ST5	P78524	1137 aa		11.83	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	CNBD1	Q8NA66	436 aa		11.83	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	RUNDC1	Q96C34	613 aa		11.83	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	11.83	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	WDR90	Q96KV7	1748 aa		11.83	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	FAM177B	A6PVY3	158 aa		11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	NFKBIE	O00221	500 aa		11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	TOMM70	O94826	608 aa		11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	11.82	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	11.81	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	LMNB1	P20700	586 aa		11.81	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		11.81	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	SRGN	P10124	158 aa		11.8	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	HLF	Q16534	295 aa		11.8	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	STYK1	Q6J9G0	422 aa		11.8	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		11.8	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		11.8	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	11.79	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	11.79	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	CNKSR1	Q969H4	720 aa		11.79	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		11.79	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		11.79	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		11.78	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	C21orf2	O43822	256 aa		11.78	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		11.78	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	NECTIN2	Q92692	538 aa		11.78	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	MASTL	Q96GX5	879 aa		11.78	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		11.78	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	RRAGC	Q9HB90	399 aa		11.78	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	LAMB2	P55268	1798 aa		11.77	□□□□□ -0.52
LMO3-222	ENST00000540445	GLTPD2	A6NH11	291 aa		11.77	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		11.77	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		11.77	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		11.77	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	APLP1	P51693	650 aa		11.76	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		11.76	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	NYX	Q9GZU5	481 aa		11.76	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ERBB4	Q15303	1308 aa		11.76	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		11.76	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	SNED1	Q8TER0	1413 aa		11.76	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	SCN4A	P35499	1836 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	POTEC	B2RU33	542 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	CHL1	O00533	1208 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	APAF1	O14727	1248 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ANXA1	P04083	346 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	NPR1	P16066	1061 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	GPT	P24298	496 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	FSTL1	Q12841	308 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	DNAJC5G	Q8N7S2	189 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ABCC12	Q96J65	1359 aa		11.75	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ALDH1B1	P30837	517 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	PDIA6	Q15084	440 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	SOGA3	Q5TF21	947 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	KRT24	Q2M2I5	525 aa		11.73	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	PROSER3	Q2NL68	480 aa		11.73	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	CRY2	Q49AN0	593 aa		11.73	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ERFE	Q4G0M1	354 aa		11.73	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	COPS6	Q7L5N1	327 aa		11.73	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		11.73	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53

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