RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, human

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMS1-208	ENST00000428064	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		27.77	■■■□□ 2.04
LIMS1-208	ENST00000428064	NFKBIE	O00221	500 aa		27.76	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	PRELP	P51888	382 aa		27.76	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	27.76	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	NPHP1	O15259	732 aa		27.75	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	STYK1	Q6J9G0	422 aa		27.75	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	27.75	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		27.75	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		27.74	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	SRGN	P10124	158 aa		27.74	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		27.74	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	CNKSR1	Q969H4	720 aa		27.73	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		27.72	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	APLP1	P51693	650 aa		27.72	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	MASTL	Q96GX5	879 aa		27.72	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	CACNA1S	Q13698	1873 aa		27.72	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	SLX4	Q8IY92	1834 aa		27.71	■■■□□ 2.03
LIMS1-208	ENST00000428064	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	27.7	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	GLTPD2	A6NH11	291 aa		27.7	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	C21orf2	O43822	256 aa		27.7	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	FSTL1	Q12841	308 aa		27.7	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	27.7	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	SOGA3	Q5TF21	947 aa		27.69	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		27.69	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	RRAGC	Q9HB90	399 aa		27.68	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	ERBB4	Q15303	1308 aa		27.67	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	27.67	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	WDR90	Q96KV7	1748 aa		27.67	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		27.67	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	NUP98	P52948	1817 aa		27.67	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	HLF	Q16534	295 aa		27.66	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		27.66	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	NPR1	P16066	1061 aa		27.65	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		27.65	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		27.65	■■■□□ 2.02
LIMS1-208	ENST00000428064	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	27.63	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	RIPK4	P57078	832 aa		27.63	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		27.63	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		27.62	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	27.62	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		27.62	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		27.62	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	ERFE	Q4G0M1	354 aa		27.61	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		27.61	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	NYX	Q9GZU5	481 aa		27.61	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		27.6	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		27.6	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	27.6	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	CCDC93	Q567U6	631 aa		27.59	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		27.58	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	DNAJC5G	Q8N7S2	189 aa		27.58	■■■□□ 2.01
LIMS1-208	ENST00000428064	MYL6B	P14649	208 aa		27.57	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	CRY2	Q49AN0	593 aa		27.57	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	NGEF	Q8N5V2	710 aa		27.57	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	27.56	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	ALDH1B1	P30837	517 aa		27.56	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		27.56	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	ABCC12	Q96J65	1359 aa		27.56	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	FAM177B	A6PVY3	158 aa		27.55	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	POTEC	B2RU33	542 aa		27.55	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		27.55	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	27.53	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	PDIA6	Q15084	440 aa		27.53	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		27.53	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		27.53	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	SNED1	Q8TER0	1413 aa		27.52	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		27.52	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	RUNDC1	Q96C34	613 aa		27.52	■■■□□ 2
LIMS1-208	ENST00000428064	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	27.51	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		27.51	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		27.5	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	PARP10	Q53GL7	1025 aa		27.5	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	CHL1	O00533	1208 aa		27.49	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	NTSR2	O95665	410 aa		27.49	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	GPT	P24298	496 aa		27.49	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	27.49	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	SUSD4	Q5VX71	490 aa		27.49	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		27.49	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		27.48	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	SCN4A	P35499	1836 aa		27.48	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	27.47	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		27.47	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		27.47	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	KLRG1	Q96E93	195 aa		27.47	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	27.47	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		27.46	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	27.46	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	PSMD1	Q99460	953 aa		27.46	■■□□□ 1.99
LIMS1-208	ENST00000428064	DDN	O94850	711 aa	Predicted RBP	27.45	■■□□□ 1.98
LIMS1-208	ENST00000428064	PROSER3	Q2NL68	480 aa		27.45	■■□□□ 1.98

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