RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	OSER1	Q9NX31	292 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM88B	A6NKF7	163 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ERAL1	O75616	437 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PRSS23	O95084	383 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	F2	P00734	622 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLC9A3	P48764	834 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RPS26	P62854	115 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PCBP2	Q15366	365 aa	Known RBP eCLIP	10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZMAT1	Q5H9K5	638 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CRB2	Q5IJ48	1285 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	LHFPL3	Q86UP9	236 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TRAPPC5	Q8IUR0	188 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	IQCF1	Q8N6M8	205 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	BEND7	Q8N7W2	519 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FAM46D	Q8NEK8	389 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PEX13	Q92968	403 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM80	Q96HE8	168 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TSSK6	Q9BXA6	273 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLC29A3	Q9BZD2	475 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CLMP	Q9H6B4	373 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NRAP	Q86VF7	1730 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	HMX3	A6NHT5	357 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147		J3KTA2	159 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CEL	P19835	753 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NSG1	P42857	185 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF81	P51508	661 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SUZ12	Q15022	739 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ANGPT1	Q15389	498 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	VWA5B2	Q8N398	1253 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF614	Q8N883	585 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TEX47	Q8TBZ9	253 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CMTM7	Q96FZ5	175 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC115	Q96NT0	180 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	HDHD5	Q9BXW7	423 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MCUB	Q9NWR8	336 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RDH8	Q9NYR8	311 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PSORS1C1	Q9UIG5	152 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	BTAF1	O14981	1849 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147		K7ERQ8	282 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CNMD	O75829	334 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PCMT1	P22061	227 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	OR1D2	P34982	312 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLC19A1	P41440	591 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FGFBP1	Q14512	234 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PTGES3	Q15185	160 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLC14A2	Q15849	920 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CCL14	Q16627	93 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TATDN3	Q17R31	274 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	IER5L	Q5T953	404 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	KDM4D	Q6B0I6	523 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	C11orf88	Q6PI97	169 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	HDDC2	Q7Z4H3	204 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	DDX53	Q86TM3	631 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NPLOC4	Q8TAT6	608 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	EXOSC8	Q96B26	276 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CLIP3	Q96DZ5	547 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FCRL4	Q96PJ5	515 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TEFM	Q96QE5	360 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	OR51B5	Q9H339	312 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GULP1	Q9UBP9	304 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SCML2	Q9UQR0	700 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147		A0A0G2JN53	185 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	HHLA1	C9JL84	531 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CYP17A1	P05093	508 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	BCHE	P06276	602 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MMP2	P08253	660 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CPN2	P22792	545 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MAN2A2	P49641	1150 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF140	P52738	457 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CRISP1	P54107	249 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RPA4	Q13156	261 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	COL9A2	Q14055	689 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CDC73	Q6P1J9	531 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CHMP1B	Q7LBR1	199 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CELF5	Q8N6W0	485 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PJA1	Q8NG27	643 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GEMIN6	Q8WXD5	167 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GATAD2B	Q8WXI9	593 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ARMC5	Q96C12	935 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RHBDF1	Q96CC6	855 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLC38A2	Q96QD8	506 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MKRN2	Q9H000	416 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLA2	Q9H6Q3	261 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RLIM	Q9NVW2	624 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FAM120C	Q9NX05	1096 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF282	Q9UDV7	671 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TRPS1	Q9UHF7	1281 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	OSGIN1	Q9UJX0	560 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ARID1A	O14497	2285 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GRXCR2	A6NFK2	248 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FAM227A	F5H4B4	570 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PCDH17	O14917	1159 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ENTPD6	O75354	484 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RPL34	P49207	117 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF792	Q3KQV3	632 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RASSF6	Q6ZTQ3	369 aa		10.62	□□□□□ -0.71

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