RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563952.1

CMTM4-204, Transcript of CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene CMTM4, Length 1,023 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CMTM4-204	ENST00000563952	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	40.63	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		40.63	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	40.63	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	40.62	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	40.61	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	GPR162	Q16538	588 aa		40.6	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	40.6	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	COL15A1	P39059	1388 aa		40.6	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		40.59	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	ZPR1	O75312	459 aa		40.58	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		40.58	■■■■■ 4.09
CMTM4-204	ENST00000563952	FKBP8	Q14318	412 aa		40.56	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	RIPK4	P57078	832 aa		40.55	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		40.55	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		40.54	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		40.54	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		40.52	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	40.52	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	40.52	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	A1BG	P04217	495 aa		40.51	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	40.51	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	40.51	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	NARF	Q9UHQ1	456 aa		40.51	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	40.51	■■■■■ 4.08
CMTM4-204	ENST00000563952	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	40.5	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	RUNDC1	Q96C34	613 aa		40.5	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	USP16	Q9Y5T5	823 aa		40.5	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		40.49	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	YY1	P25490	414 aa		40.48	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	NEUROD2	Q15784	382 aa		40.48	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952		A0A087WZG4	1122 aa		40.47	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	DDR1	Q08345	913 aa		40.45	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		40.45	■■■■■ 4.07
CMTM4-204	ENST00000563952	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	40.44	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		40.44	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	40.43	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	40.43	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	40.43	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		40.42	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		40.42	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		40.41	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	TM4SF1	P30408	202 aa		40.4	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		40.4	■■■■■ 4.06
CMTM4-204	ENST00000563952	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	40.38	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	40.38	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	NFIX	Q14938	502 aa		40.38	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		40.38	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		40.37	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	CHD4	Q14839	1912 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	40.36	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	ANP32C	O43423	234 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	CCDC184	Q52MB2	194 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	SCN7A	Q01118	1682 aa		40.36	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		40.34	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	GRIN3B	O60391	1043 aa		40.34	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	TGFB2	P61812	414 aa		40.34	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		40.34	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	40.33	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952		A0A0G2JLW4	131 aa		40.32	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	40.32	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		40.32	■■■■■ 4.05
CMTM4-204	ENST00000563952	NBPF26	B4DH59	902 aa		40.31	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	40.31	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	NBPF15	Q8N660	670 aa		40.31	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	40.3	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	CAMTA2	O94983	1202 aa		40.28	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	DPEP1	P16444	411 aa		40.28	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		40.28	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	SERPINB2	P05120	415 aa		40.27	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		40.27	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		40.27	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	UTRN	P46939	3433 aa		40.27	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	APAF1	O14727	1248 aa		40.26	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	40.26	■■■■■ 4.04
CMTM4-204	ENST00000563952	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	40.26	■■■■■ 4.03
CMTM4-204	ENST00000563952	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		40.24	■■■■■ 4.03
CMTM4-204	ENST00000563952	MRS2	Q9HD23	443 aa		40.22	■■■■■ 4.03
CMTM4-204	ENST00000563952	NGEF	Q8N5V2	710 aa		40.2	■■■■■ 4.03
CMTM4-204	ENST00000563952	BCS1L	Q9Y276	419 aa		40.2	■■■■■ 4.03
CMTM4-204	ENST00000563952	CHL1	O00533	1208 aa		40.18	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	CHRNA5	P30532	468 aa		40.18	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		40.18	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	MYL6B	P14649	208 aa		40.17	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	SETDB2	Q96T68	719 aa		40.17	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	40.17	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	KCNA3	P22001	575 aa		40.16	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		40.16	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	40.15	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	PIM2	Q9P1W9	311 aa		40.14	■■■■■ 4.02
CMTM4-204	ENST00000563952	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		40.13	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	NPHP1	O15259	732 aa		40.11	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	KRT24	Q2M2I5	525 aa		40.1	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		40.1	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	CFAP44	Q96MT7	982 aa		40.1	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	ERBB4	Q15303	1308 aa		40.1	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		40.09	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		40.09	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	HLF	Q16534	295 aa		40.08	■■■■■ 4.01
CMTM4-204	ENST00000563952	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	40.08	■■■■■ 4.01

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 55.6 ms