RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496458.1

SF3B1-212, Transcript of splicing factor 3b subunit 1, human

TSL 2

Gene SF3B1, Length 475 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3B1-212	ENST00000496458	CDCA3	Q99618	268 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	EDEM3	Q9BZQ6	932 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	OR10A4	Q9H209	315 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	EGLN3	Q9H6Z9	239 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	LNPEP	Q9UIQ6	1025 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	EEA1	Q15075	1411 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ARAP1	Q96P48	1450 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PRX	Q9BXM0	1461 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458		A0A1W2PPR1	153 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TFEC	O14948	347 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TBCA	O75347	108 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	HPR	P00739	348 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SCG2	P13521	617 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ATP6V1E1	P36543	226 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	OR4C11	Q6IEV9	310 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	LCLAT1	Q6UWP7	414 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	RCOR2	Q8IZ40	523 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	GPC2	Q8N158	579 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CHPT1	Q8WUD6	406 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	BTBD9	Q96Q07	612 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ABCG4	Q9H172	646 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TSPY26P	Q9H489	355 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	MTHFD2L	Q9H903	347 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	GRPEL1	Q9HAV7	217 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	XAB2	Q9HCS7	855 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ELF5	Q9UKW6	265 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SHROOM2	Q13796	1616 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	URAD	A6NGE7	173 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TRIM64C	A6NLI5	447 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CPLX1	O14810	134 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SRSF10	O75494	262 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	STMN1	P16949	149 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PGF	P49763	221 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	DLK1	P80370	383 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	DHODH	Q02127	395 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	RIG	Q13278	110 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CST9LP1	Q5W188	147 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	FAM47E	Q6ZV65	393 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CATSPER4	Q7RTX7	472 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	RPAIN	Q86UA6	219 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ZFAND4	Q86XD8	727 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	C17orf47	Q8NEP4	570 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	OR6J1	Q8NGC5	347 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	GOT1L1	Q8NHS2	421 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	MGARP	Q8TDB4	240 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CFAP57	Q96MR6	1250 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SDCBP2	Q9H190	292 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	IQGAP2	Q13576	1575 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458		A8MXK9	166 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	NPIPB9	F8W1W9	429 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458		G3V2L1	256 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SURF4	O15260	269 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TGDS	O95455	350 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SERPING1	P05155	500 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	MYL6B	P14649	208 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	AADAC	P22760	399 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ATP5D	P30049	168 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	OXTR	P30559	389 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PPP5C	P53041	499 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PTGIS	Q16647	500 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	LACTB2	Q53H82	288 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CYB5D1	Q6P9G0	228 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	TCEANC	Q8N8B7	351 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	NAT8L	Q8N9F0	302 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ACTL8	Q9H568	366 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PDRG1	Q9NUG6	133 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	HACD3	Q9P035	362 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	XPO7	Q9UIA9	1087 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF510	Q9Y2H8	683 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	MTMR11	A4FU01	709 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458		H0Y626	953 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458		K7EQD1	137 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SLC1A7	O00341	560 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	RTCA	O00442	366 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	UBE2C	O00762	179 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SLC7A4	O43246	635 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	GGPS1	O95749	300 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PTPRG	P23470	1445 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	HSPA4	P34932	840 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	HSD17B3	P37058	310 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	KRT80	Q6KB66	452 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	DNAJB7	Q7Z6W7	309 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SLC47A2	Q86VL8	602 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	OR8H3	Q8N146	312 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	POM121L12	Q8N7R1	296 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	GBP7	Q8N8V2	638 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	OR4C15	Q8NGM1	316 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	PYCR2	Q96C36	320 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SF3B1-212	ENST00000496458	SPATA33	Q96N06	139 aa		4.59	□□□□□ -1.67

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