RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PNPLA2	Q96AD5	504 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A18	Q96BI1	424 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CLIP3	Q96DZ5	547 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SLC41A2	Q96JW4	573 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	RMDN2	Q96LZ7	410 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	C5orf34	Q96MH7	638 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ZIM3	Q96PE6	472 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	FCRL4	Q96PJ5	515 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SMC6	Q96SB8	1091 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	HGH1	Q9BTY7	390 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	DHRS4	Q9BTZ2	278 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TMEM109	Q9BVC6	243 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	DERL2	Q9GZP9	239 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	RAB33B	Q9H082	229 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TFB2M	Q9H5Q4	396 aa	Known RBP	8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	KIR3DX1	Q9H7L2	352 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	HRASLS2	Q9NWW9	162 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ARL15	Q9NXU5	204 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GPR83	Q9NYM4	423 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CAMSAP3	Q9P1Y5	1249 aa	Predicted RBP	8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GRID1	Q9ULK0	1009 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	G3BP2	Q9UN86	482 aa	Known RBP	8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CDYL	Q9Y232	598 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SLC5A6	Q9Y289	635 aa		8.37	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CELSR1	Q9NYQ6	3014 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CACNA1C	Q13936	2221 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CCDC189	A1A4V9	331 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GSAP	A4D1B5	854 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	OR6C74	A6NCV1	312 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	WIPF3	A6NGB9	483 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ISM1	B1AKI9	464 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GFY	I3L273	518 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	MATN2	O00339	956 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SMIM24	O75264	130 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	PSIP1	O75475	530 aa	Known RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CEACAM4	O75871	244 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CBX6	O95503	412 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GUCA1C	O95843	209 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	KLK3	P07288	261 aa	Predicted RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ZNF37A	P17032	561 aa	Predicted RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	POU3F2	P20265	443 aa	Predicted RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TAC1	P20366	129 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	AP1S2	P56377	157 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	HSD11B2	P80365	405 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TIAL1	Q01085	375 aa	Known RBP eCLIP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GBX1	Q14549	363 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CASP8	Q14790	479 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ZNF658B	Q4V348	819 aa	Predicted RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	THEMIS2	Q5TEJ8	643 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	DUS1L	Q6P1R4	473 aa	Known RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	PIWIL4	Q7Z3Z4	852 aa	Known RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SYTL1	Q8IYJ3	562 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CCDC63	Q8NA47	563 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	OR52E1	Q8NGJ3	308 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SREK1	Q8WXA9	508 aa	Known RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ALKBH8	Q96BT7	664 aa	Known RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	NXNL1	Q96CM4	212 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ZNF501	Q96CX3	271 aa	Predicted RBP	8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	PPM1M	Q96MI6	270 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	MCMBP	Q9BTE3	642 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	EPB41L4B	Q9H329	900 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ABCF3	Q9NUQ8	709 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SOHLH2	Q9NX45	425 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	OR6C2	Q9NZP2	312 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CD274	Q9NZQ7	290 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SENP1	Q9P0U3	644 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SEMA5B	Q9P283	1151 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TCFL5	Q9UL49	500 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	MED16	Q9Y2X0	877 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	PCDHGB7	Q9Y5F8	929 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	NFS1	Q9Y697	457 aa		8.36	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	PDZD2	O15018	2839 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	F8	P00451	2351 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	FBN2	P35556	2912 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CPAMD8	Q8IZJ3	1885 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP10	A1A4S6	786 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	NPEPPSL1	A6NEC2	478 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ANKUB1	A6NFN9	424 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TLCD2	A6NGC4	264 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	C2orf74	A8MZ97	194 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA8R	I6L899	631 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CDC7	O00311	574 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ALDOA	P04075	364 aa	Known RBP	8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GSTA1	P08263	222 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	SLC35E2B	P0CK96	405 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TPBGL	P0DKB5	382 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CD1D	P15813	335 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	KRT4	P19013	534 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	POLR2C	P19387	275 aa	Predicted RBP	8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	TFEB	P19484	476 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	CCND1	P24385	295 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GCA	P28676	217 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	OTX2	P32243	289 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	RPA3	P35244	121 aa	Predicted RBP	8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	GLRB	P48167	497 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	HNMT	P50135	292 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	RAB28	P51157	221 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	PGGT1B	P53609	377 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ATP1A4	Q13733	1029 aa		8.35	□□□□□ -1.07
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP19	Q14CB8	494 aa		8.35	□□□□□ -1.07

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