RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 CCRL2O00421 344 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 KHNYNO15037 678 aaKnown RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GRID2O43424 1007 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LEFTY1O75610 366 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TNNI3P19429 210 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ACRV1P26436 265 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CTHP32929 405 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HNF1BP35680 557 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RPS9P46781 194 aaKnown RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CLCQ05315 142 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ACSM2AQ08AH3 577 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HYAL1Q12794 435 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 FOXD4Q12950 439 aaPredicted RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GNA13Q14344 377 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ZSWIM7Q19AV6 140 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LEXMQ3ZCV2 418 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RBM48Q5RL73 367 aaKnown RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ACSM2BQ68CK6 577 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TANGO2Q6ICL3 276 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 FAM92BQ6ZTR7 304 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 UBE2R2Q712K3 238 aaPredicted RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 EPHX4Q8IUS5 362 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DEFB119Q8N690 84 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DENND6BQ8NEG7 585 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TOR1AIP2Q8NFQ8 470 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CDX2Q99626 313 aaPredicted RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MIPEPQ99797 713 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ADI1Q9BV57 179 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GPR174Q9BXC1 333 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 STOX2Q9P2F5 926 aaPredicted RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ACTL7AQ9Y615 435 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DNMT3AQ9Y6K1 912 aaPredicted RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ARHGEF33A8MVX0 844 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CD160O95971 181 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 UROSP10746 265 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SDC2P34741 201 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 OR2B6P58173 313 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 VBP1P61758 197 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MYBPC3Q14896 1274 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 NR6A1Q15406 480 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 C10orf62Q5T681 223 aaPredicted RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LCN1P1Q5VSP4 162 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DPY19L3Q6ZPD9 716 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 PIM3Q86V86 326 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TREML1Q86YW5 311 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ALDH16A1Q8IZ83 802 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CENPSQ8N2Z9 138 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 NXPE1Q8N323 547 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ASCC1Q8N9N2 400 aaKnown RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ANKRD49Q8WVL7 239 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TCEAL4Q96EI5 215 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MAELQ96JY0 434 aaKnown RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TUBA1CQ9BQE3 449 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 C1QTNF3Q9BXJ4 246 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SRMSQ9H3Y6 488 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 POMPQ9Y244 141 aa7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 YBX2Q9Y2T7 364 aaKnown RBP7.43□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GNG14A0A1W2PPG7 69 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 NPEPPSL1A6NEC2 478 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GJB3O75712 270 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 KLHL18O94889 574 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ASGR2P07307 311 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 C8BP07358 591 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 F7P08709 466 aaPredicted RBP7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HNRNPLP14866 589 aaKnown RBP eCLIP7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ITGA2P17301 1181 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 AGXTP21549 392 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 EPHA3P29320 983 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CD6P30203 668 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SOX11P35716 441 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HPCAL1P37235 193 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CD97P48960 835 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 IL18R1Q13478 541 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SIM2Q14190 667 aaPredicted RBP7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SEMA3AQ14563 771 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 IHHQ14623 411 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SPATS1Q496A3 300 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 UNC50Q53HI1 259 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 C6orf52Q5T4I8 152 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 VWA5B1Q5TIE3 1220 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CES4AQ5XG92 561 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SULT1C3Q6IMI6 304 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 PSAPL1Q6NUJ1 521 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TLDC1Q6P9B6 456 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CYP20A1Q6UW02 462 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GPRIN3Q6ZVF9 776 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LSMEM2Q8N112 164 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CLHC1Q8NHS4 586 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 WDR48Q8TAF3 677 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 NAT6Q93015 286 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ERMAPQ96PL5 475 aaPredicted RBP7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ATOH8Q96SQ7 321 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 C17orf62Q9BQA9 187 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SLITRK2Q9H156 845 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MED28Q9H204 178 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GSTO2Q9H4Y5 243 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 PRDM8Q9NQV8 689 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 B4GALT6Q9UBX8 382 aa7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 COLQQ9Y215 455 aaPredicted RBP7.42□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 A0A1W2PQU0 124 aa7.42□□□□□ -1.22
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40 ms