RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 PGLSO95336 258 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SERPINA1P01009 418 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PKMP14618 531 aaKnown RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MYOGP15173 224 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TCF3P15923 654 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PORP16435 677 aaPredicted RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 RPL3P39023 403 aaKnown RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NAGLUP54802 743 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TPTEP56180 551 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TECRLQ5HYJ1 363 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LILRA6Q6PI73 481 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 OR56A4Q8NGH8 313 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NARS2Q96I59 477 aaKnown RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 RNF145Q96MT1 663 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CITED4Q96RK1 184 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CYP2S1Q96SQ9 504 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GTPBP2Q9BX10 602 aaKnown RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 UNKQ9C0B0 810 aaKnown RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 DERL2Q9GZP9 239 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TNKS2Q9H2K2 1166 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ARL8BQ9NVJ2 186 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 DUSP12Q9UNI6 340 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MRPS33Q9Y291 106 aaKnown RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 A0A1W2PQ72 361 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 BBIP1A8MTZ0 92 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PLK4O00444 970 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HS6ST1O60243 411 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZMPSTE24O75844 475 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TFEBP19484 476 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GABRB3P28472 473 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TLX1P31314 330 aaPredicted RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CSRP3P50461 194 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GMFBP60983 142 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ACTR3P61158 418 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NFKB2Q00653 900 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 RGS1Q08116 209 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MOGQ16653 247 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 UAP1L1Q3KQV9 507 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LRIT3Q3SXY7 679 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GALNT18Q6P9A2 607 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CRTC3Q6UUV7 619 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 IL27RAQ6UWB1 636 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LINGO4Q6UY18 593 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FGD2Q7Z6J4 655 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TMEM126BQ8IUX1 230 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FBXO39Q8N4B4 442 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 DNAJC5GQ8N7S2 189 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SP7Q8TDD2 431 aaPredicted RBP7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZNF570Q96NI8 536 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NMUR2Q9GZQ4 415 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ELOVL6Q9H5J4 265 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SP140LQ9H930 580 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PNPOQ9NVS9 261 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SOHLH2Q9NX45 425 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LHX3Q9UBR4 397 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 KLQ9UEF7 1012 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PADI4Q9UM07 663 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 KCNE2Q9Y6J6 123 aa7.49□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ARPC4-TTLL3A0A0A6YYG9 625 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FAM170BA6NMN3 283 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HIDE1A8MVS5 230 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CENPBD1B2RD01 187 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TMX2-CTNND1H3BSU7 103 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HSMCR30P0CW71 290 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CTPS1P17812 591 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 IMPDH1P20839 514 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GNG2P59768 71 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ARF5P84085 180 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PTPRNQ16849 979 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZBED5Q49AG3 693 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 KHDC1Q4VXA5 237 aaKnown RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ARSIQ5FYB1 569 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 C11orf88Q6PI97 169 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GPSM1Q86YR5 675 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NRSN1Q8IZ57 195 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CHCHD4Q8N4Q1 142 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 RERGQ96A58 199 aaPredicted RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 EFHD2Q96C19 240 aaPredicted RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TRIT1Q9H3H1 467 aaKnown RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 EPB41L1Q9H4G0 881 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 KRCC1Q9NPI7 259 aaPredicted RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 IGSF5Q9NSI5 407 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 DNMT3BQ9UBC3 853 aaKnown RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 AKAP8LQ9ULX6 646 aaKnown RBP eCLIP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PCDHGA3Q9Y5H0 932 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 V9GYQ6 96 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 DHRS12A0PJE2 317 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 UBE2QL1A1L167 161 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CAPN8A6NHC0 703 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ITM2AO43736 263 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 DLX3O60479 287 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 YES1P07947 543 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SNRPB2P08579 225 aaKnown RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SRFP11831 508 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SNX20Q7Z614 316 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ALYREFQ86V81 257 aaKnown RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PACRGLQ8N7B6 248 aa7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MAGEE2Q8TD90 523 aaPredicted RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZNF419Q96HQ0 510 aaPredicted RBP7.48□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 POLR3BQ9NW08 1133 aaPredicted RBP7.48□□□□□ -1.21
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.3 ms