RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478423.6

NPHP4-208, Transcript of nephrocystin 4, human

TSL 2

Gene NPHP4, Length 4,467 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPHP4-208	ENST00000478423	SERPINA1	P01009	418 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	PRG2	P13727	222 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	AKT2	P31751	481 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	HNF1B	P35680	557 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	PREP	P48147	710 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	UFM1	P61960	85 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	LRRC32	Q14392	662 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	UBXN2B	Q14CS0	331 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	BEND5	Q7L4P6	421 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ZBED6CL	Q96FA7	236 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	OSBPL10	Q9BXB5	764 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ZIM2	Q9NZV7	527 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	COMMD3-BMI1	R4GMX3	469 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	AQP12B	A6NM10	295 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC7A1	P30825	629 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	CDH12	P55289	794 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	PRR5	P85299	388 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	RNF220	Q5VTB9	566 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	RANBP10	Q6VN20	620 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	TREML1	Q86YW5	311 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	AQP12A	Q8IXF9	295 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	SMYD1	Q8NB12	490 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	RBM18	Q96H35	190 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ADI1	Q9BV57	179 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ZCCHC3	Q9NUD5	404 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	GEMIN8	Q9NWZ8	242 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	PCDHGB3	Q9Y5G1	929 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423		A0A1W2PRB8	838 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ADAMDEC1	O15204	470 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ANGPTL1	O95841	491 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	CBSL	P0DN79	551 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	G6PD	P11413	515 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	CBS	P35520	551 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	DLG1	Q12959	904 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	OR4F3	Q6IEY1	312 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	CEP97	Q8IW35	865 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	DENND1A	Q8TEH3	1009 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	DNASE1L2	Q92874	299 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF641	Q96N77	438 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	ABCG4	Q9H172	646 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	MRPS30	Q9NP92	439 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423	MYH4	Q9Y623	1939 aa		13.9	□□□□□ -0.18
NPHP4-208	ENST00000478423		H3BNH8	94 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	CLIC1	O00299	241 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	SCN2B	O60939	215 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	SEC24A	O95486	1093 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	IL4R	P24394	825 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	RYK	P34925	604 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	CSNK2B	P67870	215 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	ITGAD	Q13349	1161 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	NEK10	Q6ZWH5	1172 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	COMMD2	Q86X83	199 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	PIH1D2	Q8WWB5	315 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	TXLNGY	Q9BZA5	131 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	PRKAB1	Q9Y478	270 aa		13.9	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	PTPRZ1	P23471	2315 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	CLDN4	O14493	209 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	STX16	O14662	325 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	UGT2B11	O75310	529 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	RAP2A	P10114	183 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	BDKRB1	P46663	353 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	GSK3B	P49841	420 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	EEFSEC	P57772	596 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	RAB33A	Q14088	237 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	GRM2	Q14416	872 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	STEAP4	Q687X5	459 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF730	Q6ZMV8	503 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	THOC6	Q86W42	341 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	TMEM145	Q8NBT3	493 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	PIK3C3	Q8NEB9	887 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF282	Q9UDV7	671 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	RNF11	Q9Y3C5	154 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423		A0A1W2PP18	115 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	ABLIM1	O14639	778 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	DIO3	P55073	304 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	LARS2	Q15031	903 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	NDUFA9	Q16795	377 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	LIN52	Q52LA3	116 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	TECRL	Q5HYJ1	363 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	PSAPL1	Q6NUJ1	521 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC2A7	Q6PXP3	512 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	SLC34A3	Q8N130	599 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF671	Q8TAW3	534 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	RETREG1	Q9H6L5	497 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	TAC3	Q9UHF0	121 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	GLI3	P10071	1580 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	FADS2P1	A8MWK0	482 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	POU2F1	P14859	743 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF8	P17098	575 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	CD68	P34810	354 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	TMEM115	Q12893	351 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	TRAP1	Q12931	704 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	MOGS	Q13724	837 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	KCTD21	Q4G0X4	260 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	PTGFRN	Q9P2B2	879 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	KCNK6	Q9Y257	313 aa		13.89	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		13.88	□□□□□ -0.19
NPHP4-208	ENST00000478423	KPNA4	O00629	521 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 42.9 ms