RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555022.5

SYNE2-217, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE2, Length 3,396 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-217	ENST00000555022	ABCA6	Q8N139	1617 aa		10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	LAMC1	P11047	1609 aa		10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	UNC13B	O14795	1591 aa		10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	PHF14	O94880	888 aa		10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	MCM5	P33992	734 aa		10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	GORAB	Q5T7V8	394 aa		10.68	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	FCHSD2	O94868	740 aa		10.67	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	KDM4A	O75164	1064 aa		10.67	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	MX1	P20591	662 aa		10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	SYT1	P21579	422 aa		10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	RASEF	Q8IZ41	740 aa		10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	AK2	P54819	239 aa		10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	TNNT1	P13805	278 aa		10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	PDE4C	Q08493	712 aa		10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	LIG1	P18858	919 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	CHML	P26374	656 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	PRIMPOL	Q96LW4	560 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	STAC3	Q96MF2	364 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	TMX1	Q9H3N1	280 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	ANXA1	P04083	346 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	DDX11	Q96FC9	970 aa		10.65	□□□□□ -0.7
SYNE2-217	ENST00000555022	PREX2	Q70Z35	1606 aa		10.65	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	STX6	O43752	255 aa		10.65	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	GJB2	P29033	226 aa		10.65	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	IL16	Q14005	1332 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	PTPN21	Q16825	1174 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	USP27X	A6NNY8	438 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	ANO6	Q4KMQ2	910 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	GTF3C6	Q969F1	213 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	CFAP44	Q96MT7	982 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	RTL1	A6NKG5	1358 aa		10.64	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	HMMR	O75330	724 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	MLEC	Q14165	292 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	KIAA1524	Q8TCG1	905 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	DNAJC25	Q9H1X3	360 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	TRPM2	O94759	1503 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	BICD2	Q8TD16	824 aa		10.63	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	IDI1	Q13907	227 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	RUFY3	Q7L099	469 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	RAPGEF3	O95398	923 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	DACT1	Q9NYF0	836 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	POLR3G	O15318	223 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	F13A1	P00488	732 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	ELF2	Q15723	593 aa		10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	TCHH	Q07283	1943 aa		10.61	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		10.61	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		10.61	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	UTP14C	Q5TAP6	766 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	GTPBP4	Q9BZE4	634 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	CHD1	O14646	1710 aa		10.61	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	UBE2H	P62256	183 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	USP16	Q9Y5T5	823 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	GNAI2	P04899	355 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	TYRO3	Q06418	890 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	NUP62CL	Q9H1M0	184 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	TNMD	Q9H2S6	317 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	PLCH2	O75038	1416 aa		10.6	□□□□□ -0.71
SYNE2-217	ENST00000555022	LETM1	O95202	739 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71

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