RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 AMIGO3Q86WK7 504 aa28.63■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 NLGN2Q8NFZ4 835 aa28.63■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP28.61■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 IL13P35225 146 aa28.61■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 ITPK1Q13572 414 aa28.61■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 COL5A3P25940 1745 aaPredicted RBP28.6■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 ATP6V1AP38606 617 aa28.6■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP28.6■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 AEBP1Q8IUX7 1158 aa28.6■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 PER1O15534 1290 aaPredicted RBP28.59■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF784Q8NCA9 323 aaPredicted RBP28.59■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 CD2APQ9Y5K6 639 aa28.59■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 SULT6B1Q6IMI4 303 aa28.58■■■□□ 2.17
LIMS1-208ENST00000428064 PHF14O94880 888 aa28.57■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 CICQ96RK0 1608 aaPredicted RBP28.57■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 SCN11AQ9UI33 1791 aa28.55■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 GNPATO15228 680 aa28.55■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 C1orf141Q5JVX7 400 aa28.55■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 NPC1L1Q9UHC9 1359 aa28.54■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 MTHFSP49914 203 aa28.53■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 CABP4P57796 275 aa28.53■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 SLC4A9Q96Q91 983 aa28.53■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 GRIN3BO60391 1043 aa28.52■■■□□ 2.16
LIMS1-208ENST00000428064 CNTNAP4Q9C0A0 1308 aa28.51■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 RC3H1Q5TC82 1133 aaKnown RBP28.51■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 SMIM5Q71RC9 77 aa28.51■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP28.51■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP28.5■■■□□ 2.152e-9■□□□□ 9.7
LIMS1-208ENST00000428064 ADRA2BP18089 450 aa28.49■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 RBM42Q9BTD8 480 aaKnown RBP28.49■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 MRC1P22897 1456 aa28.48■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 AKAP4Q5JQC9 854 aa28.48■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP28.48■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 TJP1Q07157 1748 aa28.47■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 ADAMTS7Q9UKP4 1686 aa28.47■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 C4AP0C0L4 1744 aa28.46■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 KIF13BQ9NQT8 1826 aa28.46■■■□□ 2.15
LIMS1-208ENST00000428064 TRAPPC3LQ5T215 181 aa28.45■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 NFATC2IPQ8NCF5 419 aa28.45■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 VIRMAQ69YN4 1812 aaKnown RBP28.45■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP28.44■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP28.44■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 MYH14Q7Z406 1995 aaKnown RBP28.44■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 DIAPH1O60610 1272 aaKnown RBP28.43■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 RPS6KA4O75676 772 aa28.43■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 NLGN1Q8N2Q7 840 aa28.41■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF1Q92888 912 aaKnown RBP28.4■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP28.39■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 HMOX1P09601 288 aa28.39■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 SLC52A2Q9HAB3 445 aa28.39■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 KIAA1551Q9HCM1 1747 aa28.39■■■□□ 2.14
LIMS1-208ENST00000428064 MMP10P09238 476 aa28.38■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 GYS1P13807 737 aa28.36■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 RFC4P35249 363 aa28.36■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 CRKLP46109 303 aaKnown RBP28.36■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 C10orf71Q711Q0 1435 aa28.35■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 RNMTO43148 476 aaKnown RBP28.35■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 MTHFSDQ2M296 383 aaKnown RBP28.35■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 KCPQ6ZWJ8 1503 aa28.34■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 LGR6Q9HBX8 967 aa28.34■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 PXDNLA1KZ92 1463 aa28.34■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 UBR2Q8IWV8 1755 aa28.33■■■□□ 2.13
LIMS1-208ENST00000428064 TGFB2P61812 414 aa28.31■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 ADCY9O60503 1353 aa28.3■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP28.29■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 C1QTNF8P60827 252 aa28.29■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 INTS5Q6P9B9 1019 aaKnown RBP28.29■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC87Q9NVE4 849 aa28.29■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 N4BP2Q86UW6 1770 aaPredicted RBP28.28■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 GIGYF1O75420 1035 aaPredicted RBP28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 VSIG10Q8N0Z9 540 aa28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 PARP3Q9Y6F1 533 aa28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 BRCA1P38398 1863 aaKnown RBP28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 SIPA1L3O60292 1781 aaPredicted RBP28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 ATP10DQ9P241 1426 aa28.26■■■□□ 2.12
LIMS1-208ENST00000428064 DNAJC10Q8IXB1 793 aa28.26■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 GAS2L2Q8NHY3 880 aa28.25■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 SOS1Q07889 1333 aaPredicted RBP28.24■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP28.24■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 CYP19A1P11511 503 aaPredicted RBP28.24■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 SLC39A6Q13433 755 aa28.24■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 CFAP53Q96M91 514 aa28.22■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 SRP68Q9UHB9 627 aaKnown RBP28.22■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 FKBP8Q14318 412 aa28.21■■■□□ 2.11
LIMS1-208ENST00000428064 GNAT3A8MTJ3 354 aa28.2■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP28.2■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 WWC3Q9ULE0 1092 aa28.19■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 COL15A1P39059 1388 aa28.19■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 CEMIPQ8WUJ3 1361 aa28.18■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 ARFGEF1Q9Y6D6 1849 aa28.18■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 A0A0G2JLW4 131 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 ZPR1O75312 459 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 TM4SF1P30408 202 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 DDR1Q08345 913 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 TTC5Q8N0Z6 440 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 IL17REQ8NFR9 667 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 ZBTB1Q9Y2K1 713 aa28.17■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 NRXN2Q9P2S2 1712 aa28.16■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 DPEP1P16444 411 aa28.16■■■□□ 2.1
LIMS1-208ENST00000428064 TEFQ10587 303 aa28.16■■■□□ 2.1
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