Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms