Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms