Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL9A3Q14050 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms