Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SCN4AP35499 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms