Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
ZNF541Q9H0D2 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ZNF541Q9H0D2 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms