Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN9AQ15858 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN9AQ15858 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
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