Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

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Length 1,684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
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