Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP53Q70EK8 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms