Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HOXC9P31274 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms