Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 PRKD3-201ENST00000234179 5900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 ATP11C-202ENST00000361648 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 SAGE1-202ENST00000370709 2879 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNA5SP289-201ENST00000362332 137 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 Y_RNA.91-201ENST00000363042 107 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 Y_RNA.215-201ENST00000364204 112 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 Y_RNA.634-201ENST00000364811 113 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNU6-1138P-201ENST00000365359 106 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 MIR802-201ENST00000390235 94 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 AL356320.1-201ENST00000429616 163 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 CFLAR-AS1-202ENST00000474886 223 ntTSL 3 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 MIR4662B-201ENST00000579498 81 ntBASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 AL161716.1-201ENST00000606365 273 ntTSL 5 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 LINC01359-207ENST00000634799 487 ntTSL 5 BASIC2.17□□□□□ -2.06
SP140Q13342 KIF20B-202ENST00000371728 6419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNU6-1084P-201ENST00000362498 107 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 Y_RNA.486-201ENST00000384398 107 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 MIR520A-201ENST00000384862 85 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 MIR221-201ENST00000385135 110 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 MIR613-201ENST00000385248 95 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 SNORD72-201ENST00000390994 80 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNA5SP482-201ENST00000391269 118 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 SNORA26-201ENST00000391286 122 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNU4-53P-201ENST00000410828 140 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNA5SP450-201ENST00000411206 102 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 HSPE1P9-201ENST00000440046 311 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNA5SP153-201ENST00000516498 76 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 AC008507.4-201ENST00000585464 127 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 MIR6844-201ENST00000637122 62 ntBASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 TAB2-205ENST00000538427 4240 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.16□□□□□ -2.06
SP140Q13342 CSNK1G3-202ENST00000360683 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.06
SP140Q13342 CEP162-201ENST00000257766 5063 ntTSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.06
SP140Q13342 RNU4-82P-201ENST00000362443 140 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORA63D-201ENST00000364359 132 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORA4.2-201ENST00000365313 147 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 Y_RNA.343-201ENST00000365354 112 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 Y_RNA.393-201ENST00000383936 102 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 TRAJ41-201ENST00000390496 62 ntAPPRIS P1 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR513C-201ENST00000401352 84 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AL158823.1-201ENST00000418441 478 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 CYCSP49-201ENST00000420810 319 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 FTH1P12-201ENST00000432137 551 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC122707.1-201ENST00000502882 219 ntTSL 2 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORA25.12-201ENST00000516202 82 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORA31.10-201ENST00000516482 106 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU7-28P-201ENST00000516759 62 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-789P-201ENST00000517105 102 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AP001363.1-201ENST00000544108 264 ntTSL 3 BASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC091544.4-201ENST00000555268 342 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AL160236.1-201ENST00000556317 195 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SUB1P4-201ENST00000566062 339 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR548X2-201ENST00000579776 100 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR3910-1-201ENST00000580936 111 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR4513-201ENST00000581077 86 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC120024.3-201ENST00000603167 156 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 U1.36-201ENST00000620684 176 ntBASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIER3-202ENST00000381199 5188 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.15□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RN7SKP200-201ENST00000410564 320 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SCARNA16.3-201ENST00000516595 184 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-126P-201ENST00000516685 103 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-365P-201ENST00000517113 106 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC087685.1-201ENST00000587507 141 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORA28-201ENST00000606769 126 ntBASIC2.14□□□□□ -2.07
SP140Q13342 FANCD2-213ENST00000625535 117 ntTSL 5 BASIC2.14□□□□□ -2.07
SP140Q13342 USP53-202ENST00000450251 6072 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR449A-201ENST00000362113 91 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-112P-201ENST00000363599 104 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-704P-201ENST00000364162 103 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORD50B-201ENST00000364995 70 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-588P-201ENST00000410281 105 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AL360175.1-201ENST00000426547 285 ntTSL 5 BASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 TMSB4XP3-201ENST00000445144 114 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC104435.1-201ENST00000483483 166 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RPL23AP63-201ENST00000498752 471 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNA5SP272-201ENST00000516095 111 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-426P-201ENST00000516464 97 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNA5SP437-201ENST00000517249 129 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC112693.2-201ENST00000556538 232 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR4435-1-201ENST00000582552 80 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AP001485.1-201ENST00000604799 199 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 ZNF720P1-201ENST00000562403 1939 ntBASIC2.13□□□□□ -2.07
SP140Q13342 ZNF415-224ENST00000601493 2132 ntTSL 1 (best) BASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-978P-201ENST00000364371 103 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 U8.5-201ENST00000364528 136 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 snoU2-30.1-201ENST00000365012 70 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-1336P-201ENST00000383886 109 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 Y_RNA.497-201ENST00000384447 98 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU6-950P-201ENST00000384651 107 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR569-201ENST00000385228 96 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU2-40P-201ENST00000410833 196 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 RNU7-34P-201ENST00000459394 64 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC008892.1-201ENST00000511861 384 ntTSL 3 BASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORD45.4-201ENST00000516629 73 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR3646-201ENST00000578301 84 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 MIR4762-201ENST00000585261 75 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AC097639.2-201ENST00000603159 172 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 AL590808.1-201ENST00000618696 141 ntBASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SCN7A-201ENST00000409855 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.12□□□□□ -2.07
SP140Q13342 CENPQ-201ENST00000335783 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.11□□□□□ -2.07
SP140Q13342 SNORD14E-201ENST00000364009 85 ntBASIC2.11□□□□□ -2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 132.4 ms