Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN11AQ9UI33 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms