Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRCA1P38398 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122.5 ms