Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXC9P31274 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms