| FOXE3 | Q13461 | AC006445.1-201 | ENST00000491925 | 405 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RN7SKP19-201 | ENST00000516016 | 252 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNA5SP153-201 | ENST00000516498 | 76 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU4ATAC3P-201 | ENST00000516699 | 126 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC104027.1-201 | ENST00000521887 | 300 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC024614.2-201 | ENST00000577584 | 372 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC091178.2-201 | ENST00000584401 | 117 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC130469.1-201 | ENST00000597256 | 388 nt | TSL 5 BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | uc_338.4-201 | ENST00000616635 | 176 nt | BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | TUSC7-203 | ENST00000477539 | 2415 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.6 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | OLFM3-206 | ENST00000536598 | 2801 nt | TSL 5 BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | CXADR-202 | ENST00000356275 | 270 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORA38.1-201 | ENST00000364172 | 131 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-647P-201 | ENST00000364243 | 107 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-805P-201 | ENST00000365643 | 106 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-975P-201 | ENST00000384296 | 105 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU2-70P-201 | ENST00000410718 | 179 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC097463.2-201 | ENST00000421074 | 142 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | Y_RNA.649-201 | ENST00000459077 | 103 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC080013.2-201 | ENST00000460866 | 323 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ATP5EP1-201 | ENST00000510257 | 156 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORD77.4-201 | ENST00000516158 | 81 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC026462.2-201 | ENST00000565771 | 286 nt | TSL 2 BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RPL23AP91-201 | ENST00000569211 | 455 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MIR5195-201 | ENST00000583555 | 115 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MIR4753-201 | ENST00000585119 | 83 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC008739.2-201 | ENST00000597006 | 317 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | uc_338.14-201 | ENST00000613162 | 166 nt | BASIC | 2.59 | □□□□□ -1.99 | | |
| FOXE3 | Q13461 | FAM46D-201 | ENST00000308293 | 3011 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.59 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SOCS4-201 | ENST00000339298 | 6667 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.59 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | HERC4-201 | ENST00000277817 | 4371 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PHF6-205 | ENST00000625464 | 4434 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ROS1-202 | ENST00000368508 | 7435 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL136360.1-201 | ENST00000503377 | 1900 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ARHGAP11A-207 | ENST00000565905 | 3318 nt | TSL 2 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | DMD-203 | ENST00000357033 | 13956 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORD56.3-201 | ENST00000363507 | 71 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU4-13P-201 | ENST00000364019 | 141 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNA5SP387-201 | ENST00000364226 | 106 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORD56.5-201 | ENST00000364281 | 72 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | Y_RNA.333-201 | ENST00000365274 | 102 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORA72-201 | ENST00000384339 | 132 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORA11.1-201 | ENST00000408133 | 129 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC018495.1-201 | ENST00000440266 | 452 nt | TSL 3 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC083906.5-201 | ENST00000503722 | 328 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNA5SP385-201 | ENST00000515947 | 110 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC025647.1-201 | ENST00000517879 | 253 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | IGKV1-22-201 | ENST00000524313 | 326 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | uc_338.1-201 | ENST00000612113 | 180 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | CLRN1-AS1.1-201 | ENST00000615643 | 79 nt | BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RBMS2-209 | ENST00000639027 | 192 nt | TSL 5 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | NEB-220 | ENST00000618972 | 26307 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ELF1-201 | ENST00000239882 | 3566 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | KNL1-202 | ENST00000399668 | 7607 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PLS1-201 | ENST00000337777 | 3755 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PRKACB-219 | ENST00000614872 | 4306 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.58 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | FAM214A-204 | ENST00000546305 | 3697 nt | TSL 2 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | Y_RNA.203-201 | ENST00000364106 | 102 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU4-47P-201 | ENST00000410876 | 114 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL365277.2-201 | ENST00000415255 | 551 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC245102.2-201 | ENST00000448956 | 180 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | LINC02309-201 | ENST00000553679 | 207 nt | TSL 3 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MIR5680-201 | ENST00000577577 | 84 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC097639.2-201 | ENST00000603159 | 172 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL022345.2-201 | ENST00000606307 | 135 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC025166.1-201 | ENST00000612411 | 163 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC090517.3-201 | ENST00000625170 | 141 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC073476.4-201 | ENST00000628409 | 72 nt | BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | TFEC-203 | ENST00000393485 | 2704 nt | TSL 2 BASIC | 2.57 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MBNL3-204 | ENST00000370853 | 2661 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MTND5P18-201 | ENST00000445624 | 1801 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNHG14-215 | ENST00000551631 | 4008 nt | TSL 5 BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | Y_RNA.52-201 | ENST00000362760 | 96 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | Y_RNA.116-201 | ENST00000363292 | 103 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-1209P-201 | ENST00000363655 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-944P-201 | ENST00000364023 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | Y_RNA.346-201 | ENST00000365385 | 112 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | Y_RNA.369-201 | ENST00000365568 | 117 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-32P-201 | ENST00000383948 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORD21-201 | ENST00000383953 | 95 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-418P-201 | ENST00000384035 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-13P-201 | ENST00000384248 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-880P-201 | ENST00000384526 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-12P-201 | ENST00000384604 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6-41P-201 | ENST00000384741 | 107 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORA26.7-201 | ENST00000391288 | 122 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MIR1294-201 | ENST00000408503 | 142 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNY4P30-201 | ENST00000410216 | 95 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC010731.3-201 | ENST00000415029 | 566 nt | TSL 4 BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL513477.1-202 | ENST00000417061 | 214 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | FO680682.1-201 | ENST00000421261 | 345 nt | TSL 3 BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | TRBV25OR9-2-201 | ENST00000438417 | 374 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL031737.1-201 | ENST00000450125 | 223 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORD11-201 | ENST00000459124 | 84 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RPL27AP5-201 | ENST00000469428 | 449 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU6ATAC13P-201 | ENST00000516152 | 131 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORA64.4-201 | ENST00000516632 | 81 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SNORA70.24-201 | ENST00000517233 | 118 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC109329.2-201 | ENST00000519658 | 482 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MIR3117-201 | ENST00000584034 | 78 nt | BASIC | 2.56 | □□□□□ -2 | | |