Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.5 ms