Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP28Q96RU2 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP28Q96RU2 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms