Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms