Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC023043.3-201ENST00000593113 385 ntBASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 RBMS2-209ENST00000639027 192 ntTSL 5 BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 PPP1R9A-208ENST00000456331 10090 ntTSL 1 (best) BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SLC6A15-203ENST00000450363 4229 ntTSL 1 (best) BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 SYNE1-201ENST00000341594 26584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.97□□□□□ -1.77
USP4Q13107 TOP2A-201ENST00000423485 5758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU4-13P-201ENST00000364019 141 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-944P-201ENST00000364023 107 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 SNORA25.7-201ENST00000364375 127 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 Y_RNA.432-201ENST00000384087 111 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-136P-201ENST00000384663 107 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-1077P-201ENST00000410506 102 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC093578.1-201ENST00000415219 368 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 ATP6V0E1P4-201ENST00000427294 242 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNA5SP112-201ENST00000515937 99 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-948P-201ENST00000516374 107 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC009292.2-201ENST00000558889 291 ntTSL 5 BASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MTND5P34-201ENST00000568888 325 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC093732.2-201ENST00000607950 274 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC096577.2-201ENST00000611455 153 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC019176.2-201ENST00000611579 315 ntBASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 PREPL-207ENST00000409957 4703 ntTSL 5 BASIC3.96□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CCDC66-201ENST00000326595 3027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 IQCH-201ENST00000335894 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-418P-201ENST00000384035 107 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-1274P-201ENST00000384557 107 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU2-55P-201ENST00000411146 174 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL158823.1-201ENST00000418441 478 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 ARF4P2-201ENST00000430209 526 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC010531.2-201ENST00000465012 153 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-1299P-201ENST00000516316 100 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNA5SP164-201ENST00000516533 110 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 Y_RNA.692-201ENST00000516627 105 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC008056.1-201ENST00000553322 394 ntTSL 3 BASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL591424.2-201ENST00000617023 128 ntBASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 SYNE1-212ENST00000423061 27436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 OR9K2-202ENST00000641329 3120 ntAPPRIS P1 BASIC3.95□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AGTR1-204ENST00000418473 2071 ntTSL 5 BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 NUDT12-201ENST00000230792 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CLUL1-208ENST00000581619 2449 ntTSL 2 BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 IPO8P1-201ENST00000455509 3109 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 U8.1-201ENST00000362843 134 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNA5SP387-201ENST00000364226 106 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-978P-201ENST00000364371 103 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 SNORD31B-201ENST00000364977 69 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL157709.1-201ENST00000412695 424 ntTSL 3 BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC009414.1-201ENST00000427200 443 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC083906.5-201ENST00000503722 328 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC025647.1-201ENST00000517879 253 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC022695.1-201ENST00000522089 237 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC027045.1-201ENST00000609065 202 ntTSL 5 BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL021707.8-201ENST00000609428 183 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC013412.1-201ENST00000610687 192 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC012314.7-201ENST00000619693 93 ntBASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 ZNF439-201ENST00000304030 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 TLR10-206ENST00000508334 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 PLPPR4-201ENST00000370184 4505 ntTSL 5 BASIC3.94□□□□□ -1.78
USP4Q13107 PCDH15-208ENST00000395432 6901 ntTSL 5 BASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 PPIP5K2-217ENST00000627916 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL353746.1-201ENST00000566293 6881 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU6-484P-201ENST00000384016 107 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 TRAJ18-201ENST00000390519 66 ntAPPRIS P1 BASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 DBIP2-201ENST00000419076 262 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL035423.1-201ENST00000420331 213 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL357134.1-201ENST00000445848 426 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RN7SL93P-201ENST00000463035 293 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC090515.1-201ENST00000465295 476 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC104619.4-201ENST00000510773 249 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 Y_RNA.709-201ENST00000516952 92 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC015720.1-201ENST00000565251 277 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL929325.1-201ENST00000603096 117 ntBASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 TMCO5A-203ENST00000558158 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 USH2A-201ENST00000307340 18883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 ZNF479-202ENST00000331162 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.93□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CUL4B-202ENST00000371322 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 DOCK7-202ENST00000340370 6731 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MACF1-204ENST00000372915 23440 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RTN4-209ENST00000405240 4061 ntTSL 1 (best) BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RNU1-18P-201ENST00000363062 164 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 Y_RNA.333-201ENST00000365274 102 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 DYNLT3P1-201ENST00000378574 347 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 SNORA22-201ENST00000383907 134 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AC093423.2-201ENST00000429074 437 ntTSL 3 BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL513185.1-201ENST00000431638 162 ntTSL 5 BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 SNRPGP3-201ENST00000469405 227 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CYCTP-201ENST00000504253 315 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MIR3914-2-201ENST00000637339 95 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CKAP5-201ENST00000312055 6532 ntTSL 5 BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MAP3K7-202ENST00000369325 4633 ntTSL 1 (best) BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 SAMD3-214ENST00000532763 3690 ntTSL 5 BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 AL049781.1-201ENST00000623195 3585 ntBASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 ATF1-201ENST00000262053 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.92□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MBD5-212ENST00000627651 5610 ntTSL 5 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CFAP44-202ENST00000393845 7069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 MFSD8-236ENST00000641509 4050 ntBASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 PCAT4-201ENST00000504263 2091 ntTSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 RHOT1-204ENST00000394692 2960 ntTSL 2 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 CEP70-211ENST00000484888 1993 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 GLCE-202ENST00000559420 4840 ntTSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.78
USP4Q13107 NDST4-201ENST00000264363 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.91□□□□□ -1.78
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